データセット ID
JGAD000974
- データの種類
- NGS（WGS：PromethION）
NGS（WGS：Novaseq 6000）
Xenium In Situ Gene Expression
NGS（Visium Spatial Gene Expression）、病理画像
NGS（snRNA-seq）
NGS（STOmics）
Spatial Proteomics - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 7.9 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- BED
- TSV
- CSV
- XLSX
- JSON
- MTX
- HDF5
- PNG
- QPTIFF
- TAR
- 研究
- hum0455
- 公開日
- 2026-04-10
- 更新日
- 2026-08-20
- DDBJ Search
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- JGA Study
- JGAS000832 (新しいタブで開きます)
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| add-on_ | Add-on custom panels | 104 KB | |
| hum0455_ | 79遺伝子 | 47.9 KB | |
| hum0455_ | 302遺伝子 | 153 KB |
解析手法
WGS
- 材料と対象者
- 肺神経内分泌がん（ICD10：C34）：21症例（筑波14例、自治医7例）
凍結検体 腫瘍組織：21検体
非腫瘍組織：21検体 - 健康状態罹患
- 対象者数21 (人数)
- 疾患
- 肺神経内分泌がん
- 試料説明
- 凍結検体の腫瘍組織ならびに非腫瘍組織より抽出したDNA
- 組織肺
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Ligation Sequencing Kit (SQK-LSK114)
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Oxford Nanopore Technologies PromethION
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- N/A
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- Guppy（version 6.4.6および6.5.7）、Minimap2（version 2.24）
- マッピング品質
- N/A
- 解析方法
- Modkit（version 0.3.1）
- カバレッジ (深度)
- N/A
- カバレッジ (割合)
- N/A
WGS
- 材料と対象者
- 肺神経内分泌がん（ICD10：C34）：1症例（筑波1例）
凍結検体 腫瘍組織：1検体
非腫瘍組織：1検体 - 健康状態罹患
- 対象者数1 (人数)
- 疾患
- 肺神経内分泌がん
- 試料説明
- 凍結検体の腫瘍組織ならびに非腫瘍組織より抽出したDNA
- 組織肺
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq Nano DNA Library Prep Kit
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 300 bp
Xenium In Situ Gene Expression
- 材料と対象者
- 肺神経内分泌がん（ICD10：C34）：33症例（筑波26例、自治医7例）
FFPE検体 腫瘍組織：36検体（筑波29検体、自治医7検体） - 健康状態罹患
- 対象者数33 (人数)
- 疾患
- 肺神経内分泌がん
- 試料説明
- FFPE検体
- 組織肺
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Spatial transcriptomics
- 測定対象
- 302遺伝子（Human Lung panel：202遺伝子, カスタム：100遺伝子）
- 試薬キット
- Xenium Decoding Consumables
Xenium Decoding Reagents
Xenium Slides & Sample Prep Reagents - プラットフォーム
- 10x Genomics Xenium Analyzer
- 解析方法
- xenium-1.3.0.6、xenium-1.4.0.7、xenium-1.7.1.0、xenium-2.0.0.10
Visium Spatial Gene Expression, Histological image
- 材料と対象者
- 肺神経内分泌がん（ICD10：C34）：19症例（筑波12例、自治医7例）
腫瘍組織：19検体 - 健康状態罹患
- 対象者数19 (人数)
- 疾患
- 肺神経内分泌がん
- 試料説明
- 腫瘍組織より抽出したRNA
- 組織肺
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Histological image
Spatial transcriptomics - 測定対象
- N/A
- 試料の処理
- 組織染色: HE染色
- 試薬キット
- Visium Spatial Gene Expression
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 118 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- 解析方法
- spaceranger-1.3.1
snRNA-seq
- 材料と対象者
- 肺神経内分泌がん（ICD10：C34）：6症例（筑波4例、自治医2例）
腫瘍組織：6検体 - 健康状態罹患
- 対象者数6 (人数)
- 疾患
- 肺神経内分泌がん
- 試料説明
- 腫瘍組織から抽出したRNA
- 組織肺
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- snRNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Nuclei Isolation Kit
Chromium GEM-X Single Cell 3' v4 - 断片化
- 上記キットに準拠
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 118 bp
STOmics
- 材料と対象者
- 肺神経内分泌がん（ICD10：C34）：2症例（筑波2例）
腫瘍組織：2検体 - 健康状態罹患
- 対象者数2 (人数)
- 疾患
- 肺神経内分泌がん
- 試料説明
- 腫瘍組織から抽出したRNA
- 組織肺
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Spatial transcriptomics
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Stereo-Seq Transcriptomics Set
- 断片化
- 上記キットに準拠
- プラットフォーム
- MGI DNBSEQ-T7
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 135 bp
Xenium In Situ Gene Expression
- 材料と対象者
- 肺神経内分泌がん（ICD10：C34）：13症例（筑波7例、自治医6例）
FFPE検体 腫瘍組織：13検体（筑波7検体、自治医6検体） - 健康状態罹患
- 対象者数13 (人数)
- 疾患
- 肺神経内分泌がん
- 試料説明
- FFPE検体
- 組織肺
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Spatial transcriptomics
- 測定対象
- 5099遺伝子
Xenium Prime 5K Human Pan Tissue & Pathways Panel : 5001遺伝子、Add-on custom panels：98遺伝子 - 試薬キット
- Xenium Decoding Consumables
Xenium Decoding Reagents
Xenium Slides & Sample Prep Reagents - プラットフォーム
- 10x Genomics Xenium Analyzer
- 解析方法
- xenium-4.0.1.0
Spatial Proteomics
- 材料と対象者
- 肺神経内分泌がん（ICD10：C34）：13症例（筑波7例、自治医6例）
腫瘍組織：13検体 - 健康状態罹患
- 対象者数13 (人数)
- 疾患
- 肺神経内分泌がん
- 試料説明
- FFPE検体
- 組織肺
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Spatial proteomics
- 測定対象
- 79遺伝子
- 試薬キット
- Staining Kit for PhenoCycler
- プラットフォーム
- Akoya Biosciences PhenoCycler
- 解析方法
- PhenoCycler-Fusion Acquisition Software