2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2026-04-10
- 更新日
- 2026-04-10
- 研究
- hum0455
- データの種類
- NGS(WGS:PromethION) NGS(WGS:Novaseq 6000) Xenium In Situ Gene Expression NGS(Visium Spatial Gene Expression), 病理画像 NGS(snRNA-seq) NGS(STOmics)
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000832
解析手法
WGS
- 材料と対象者
肺神経内分泌がん(ICD10: C34): 21症例(筑波14例、自治医7例) 凍結検体 腫瘍組織: 21検体 非腫瘍組織: 21検体
- 実験方法
WGS
- プラットフォーム
Nanopore [PromethION]
- 試料説明
凍結検体の腫瘍組織ならびに非腫瘍組織より抽出したDNA
- ライブラリ構築
Ligation Sequencing Kit V14
- リードタイプ
Single-end
- 解析方法
Modkit(version 0.3.1)
- マッピング
Guppy(version 6.4.6および6.5.7)、Minimap2(version 2.24)
- リファレンス配列
hg38
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
7.7 TB(fastq、bed)
- 利用ポリシー
WGS
- 材料と対象者
肺神経内分泌がん(ICD10: C34): 1症例(筑波1例) 凍結検体 腫瘍組織: 1検体 非腫瘍組織: 1検体
- 実験方法
WGS
- プラットフォーム
Illumina [Novaseq 6000]
- 試料説明
凍結検体の腫瘍組織ならびに非腫瘍組織より抽出したDNA
- ライブラリ構築
TruSeq Nano DNA Library Prep kit
- 断片化
超音波断片化(Covaris)
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
300 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
7.7 TB(fastq)
- 利用ポリシー
Xenium 空間トランスクリプトーム
- 材料と対象者
肺神経内分泌がん(ICD10: C34): 33症例(筑波26例、自治医7例) FFPE検体 腫瘍組織: 36検体(筑波29検体、自治医7検体)
- 実験方法
Xenium In Situ Gene Expression
- ターゲット
302遺伝子(Human Lung panel: 202遺伝子, カスタム: 100遺伝子)
- プラットフォーム
10x Genomics [Xenium]
- 試料説明
FFPE検体
- 試薬
Xenium Slides & Sample Prep Reagents Xenium Decoding Reagents Xenium Decoding Consumables
- 解析方法
xenium-1.3.0.6、xenium-1.4.0.7、xenium-1.7.1.0、xenium-2.0.0.10
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
7.7 TB(csv、h5、html、json、mtx、tiff、parquet、tsv、xenium、zarr)
- 利用ポリシー
Visium 空間トランスクリプトーム + 病理画像
- 材料と対象者
肺神経内分泌がん(ICD10: C34): 19症例(筑波12例、自治医7例) 腫瘍組織: 19検体
- 実験方法
Visium Spatial Gene Expression、病理画像
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
腫瘍組織より抽出したRNA
- ライブラリ構築
Visium Spatial Gene Expression Reagent Kits
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
118 bp
- 解析方法
spaceranger-1.3.1
- リファレンス配列
GRCh38-2020-A
- 組織染色
HE染色
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
7.7 TB(fastq、tsv、mtx、json、png、csv)
- 利用ポリシー
snRNA-seq
- 材料と対象者
肺神経内分泌がん(ICD10: C34): 6症例(筑波4例、自治医2例) 腫瘍組織: 6検体
- 実験方法
snRNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
腫瘍組織から抽出したRNA
- ライブラリ構築
Chromium Nuclei Isolation Kit、Chromium GEM-X Single Cell 3' Reagent Kits v4
- 断片化
上記キットに準拠
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
118 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
7.7 TB(fastq)
- 利用ポリシー
STOmics 空間トランスクリプトーム
- 材料と対象者
肺神経内分泌がん(ICD10: C34): 2症例(筑波2例) 腫瘍組織: 2検体
- 実験方法
STOmics
- プラットフォーム
MGI [DNBSEQ-T7]
- 試料説明
腫瘍組織から抽出したRNA
- ライブラリ構築
Stereo-Seq Transcriptomics Set
- 断片化
上記キットに準拠
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
135 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
7.7 TB(fastq、h5、ipr、tiff、csv)
- 利用ポリシー