データセット ID
JGAD000973
- データの種類
- NGS（Exome）
NGS（Target Capture）
NGS（RNA-seq） - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 703 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0524
- 公開日
- 2025-11-12
- 更新日
- 2025-11-12
- DDBJ Search
- JGAD000973 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000831 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- 卵巣がん（ICD10：C56）AYA世代 6症例
腫瘍組織：6検体 - 健康状態罹患
- 対象者数6 (人数)
- 疾患
- 卵巣がん
- 試料説明
- 腫瘍組織から抽出したDNA
- 組織卵巣
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureSelect Human All Exon V5
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 75 bp
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- 卵巣がん（ICD10：C56）非AYA世代 45症例
腫瘍組織：45検体 - 健康状態罹患
- 対象者数45 (人数)
- 疾患
- 卵巣がん
- 試料説明
- 腫瘍組織から抽出したDNA
- 組織卵巣
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
- 測定対象
- NCC Oncopanel（114遺伝子）
https://www.ncc.go.jp/jp/information/pr_release/2019/0529/index.html - 試薬キット
- NCC Oncopanel
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina NextSeq 500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 75 bp
RNA-seq
- 材料と対象者
- 卵巣がん（ICD10：C56）
AYA世代 6症例 腫瘍組織：6検体
非AYA世代 40症例 腫瘍組織：40検体 - 健康状態罹患
- 対象者数46 (人数)
- 年齢層混在
- 疾患
- 卵巣がん
- 試料説明
- 腫瘍組織から抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Illumina Stranded Total RNA Prep, Ligation with Ribo-Zero Plus
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp