データセット ID
JGAD000954
- データの種類
- NGS（Target Capture）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 68.8 GB
- ファイル形式
- BAM
- 研究
- hum0516
- 公開日
- 2026-05-21
- 更新日
- 2026-05-21
- DDBJ Search
- JGAD000954 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000812 (新しいタブで開きます)
解析手法
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- 乳がん（ICD10：C50.9）：127症例
原発性99症例：105検体
転移再発34症例：45検体
*以下の同一症例から複数検体を解析対象とした例を含む
5症例：原発性2検体（術前化学療法前後の1検体ずつ）
1症例：原発性2検体（術前化学療法前後の1検体ずつ）および転移再発1検体の合計3検体
5症例：原発性1検体および転移再発1検体の合計2検体
7症例：転移再発2検体
2症例：転移再発3検体 - 健康状態罹患
- 対象者数127 (混在)
- 疾患
- 乳がん
- 試料説明
- 末梢血血漿中cfDNA
- 組織cfDNA、末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
- 測定対象
- 26遺伝子（AHNAK、APH1A、ATIC、AVL9、BRD8、CASP14、CCDC50、CLN3、CYP1A1、DBNDD1、ERBB2、ESR1、ESRP2、KDM2A、KYNU、LRBA、MFSD10、RERE、SDK1、SIDT2、SLC12A5、SYNPO2、SYTL2、TUBG2、USP34、VPS28）
- 試薬キット
- KAPA Hyper Prep Kit
xGen Duplex Seq Adapter-Tech Access - 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- Burrows-Wheeler aligner（BWA; version 0.5.9-r16）
- マッピング品質
- MAPQ によるフィルタリングは実施していない
- カバレッジ (深度)
- 200x
- 加工データの種類
- アライメント