データセット ID
JGAD000921
- データの種類
- NGS（Exome）
NGS（Target Capture） - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 9.2 TB
- ファイル形式
- BAM
- 研究
- hum0479
- 公開日
- 2025-04-15
- 更新日
- 2025-04-15
- DDBJ Search
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- JGA Study
- JGAS000779 (新しいタブで開きます)
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0479_ | 遺伝子一覧 | 9.3 KB |
解析手法
WES
- 材料と対象者
- 抗EGFR抗体薬の投与を受けた切除不能・進行再発大腸がん（ICD10：C18.9）
探索用コホート（2008年9月から2010年5月までにセツキシマブを含む治療を受けた患者）：92症例
腫瘍組織と非腫瘍組織のペア：184検体 - 健康状態罹患
- 対象者数92 (人数)
- 疾患
- 抗EGFR抗体薬の投与を受けた切除不能・進行再発大腸がん
- 試料説明
- 腫瘍組織と非腫瘍組織のFFPEから抽出したDNA
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureSelect Human All Exon V4 + UTRs
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 1500
Illumina HiSeq 2000 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- BWA
- マッピング品質
- N/A
- カバレッジ (深度)
- 161x
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- 抗EGFR抗体薬の投与を受けた切除不能・進行再発大腸がん（ICD10：C18.9）
統計的推測用コホート（2010 年6月から各施設倫理審査委員会承認日までにセツキシマブまたはパニツムマブを含む治療を受けた患者）：150症例
腫瘍組織のみ：63症例 63検体
腫瘍組織と非腫瘍組織のペア：87症例 174検体 - 健康状態罹患
- 対象者数150 (人数)
- 疾患
- 抗EGFR抗体薬の投与を受けた切除不能・進行再発大腸がん
- 試料説明
- 腫瘍組織と非腫瘍組織のFFPEから抽出したDNA
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
- 測定対象
- Exome解析で見出されたSNP/CNV領域（候補遺伝子を含む全31遺伝子）（遺伝子一覧）
- 試薬キット
- SureSelect Human All Exon V4 + UTRs
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 1500
Illumina HiSeq 2000 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- BWA
- マッピング品質
- N/A
- カバレッジ (深度)
- 694x