データセット ID
JGAD000905
- データの種類
- NGS（Exome、RNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 520 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0483
- 公開日
- 2025-06-11
- 更新日
- 2025-12-11
- DDBJ Search
- JGAD000905 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000764 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- 卵巣明細胞腺がん（ICD10：C56）：11症例
腫瘍由来オルガノイド：11検体
非腫瘍組織（末梢血中単核球）：11検体
計22検体 - 健康状態罹患
- 対象者数11 (人数)
- 疾患
- 卵巣明細胞腺がん (C56)
- 試料説明
- 腫瘍由来オルガノイドおよび非腫瘍組織から抽出したDNA
- 組織オルガノイド、末梢血単核球 (PBMC)、末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- xGen Exome Research Panel
- 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
RNA-seq
- 材料と対象者
- 卵巣明細胞腺がん（ICD10：C56）：10症例
腫瘍由来オルガノイド：10検体
腫瘍由来オルガノイド（19-024）AGR2ノックアウト細胞：4検体
腫瘍由来オルガノイド（19-024）GFP過剰発現細胞（コントロール）：2検体
高異型度漿液性がん（ICD10：C56）：7症例
腫瘍由来オルガノイド：7検体 - 健康状態罹患
- 対象者数17 (人数)
- 疾患
- 卵巣明細胞腺がん (C56)
高異型度漿液性がん (C56) - 試料説明
- 腫瘍組織由来オルガノイドから抽出したRNA
- 組織オルガノイド
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq RNA Exome
- 断片化
- 熱処理
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq X
Illumina NovaSeq 6000
MGI DNBSEQ-G400 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp