データセット ID
JGAD000903
- データの種類
- RNA-seqによるT細胞免疫細胞サブセットのT細胞受容体レパトアデータ
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 4.3 GB
- ファイル形式
- TXT
- 研究
- hum0214
- 公開日
- 2026-06-12
- 更新日
- 2026-06-12
- DDBJ Search
- JGAD000903 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000762 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq + TCR-seq
- 材料と対象者
- 全身性エリテマトーデス（ICD10：M329）：119症例（137検体、うち18症例36検体は経時サンプル）
全身性強皮症（ICD10：M340）：89症例（89検体）
筋炎（ICD10：M332、M339）：85症例（85検体）
混合性結合組織病（ICD10：M351）： 19症例（19検体）
シェーグレン症候群（ICD10：M350）： 18症例（18検体）
関節リウマチ（ICD10：M0690）： 25症例（25検体）
ベーチェット病（ICD10：M352）： 23症例（23検体）
成人スチル病（ICD10：M0610）： 18症例（18検体）
ANCA関連血管炎（ICD10：M318）： 24症例（24検体）
高安動脈炎（ICD10：M314）： 16症例（16検体）
対照健常者：134名（134検体） - 健康状態健常
- 疾患
- 全身性エリテマトーデス
- 全身性強皮症
- 筋炎
- 混合性結合組織病
- シェーグレン症候群
- 関節リウマチ
- ベーチェット病
- 成人スチル病
- ANCA関連血管炎
- 高安動脈炎
- 試料説明
- 末梢血T細胞13画分（Naive_CD4、Mem_CD4、Th1、Th2、Th17、Tfh、Fr._I_nTreg、Fr._II_eTreg、Fr._III_T、Naive_CD8、TEMRA_CD8、CM_CD8、EM_CD8）より抽出したtotal RNA
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
TCR-seq - 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit
- 断片化
- SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
- マッピング
- MiXCR
- QC・フィルタリング
- アダプター配列及び3'の低クオリティー塩基をトリムした（Phred quality score < 20）。50塩基未満のリード、及び低クオリティーの塩基を多く含むリード（20%を超える塩基で、Phred quality score < 20）を除去した。 ユニークなCDR-H3配列を 500より多く有するサンプルのみ解析に使用した。
- 解析方法
- MiXCR
- 加工データの種類
- T cell receptor repertoire clonotype data