データセット ID
JGAD000876
- データの種類
- 自己免疫疾患のNGS（WGS）より算出した内在性ヘルペスウイルス6（eHHV-6）の有無およびアネロウイルス量
scRNA-seqデータ - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 181 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- TSV
- 研究
- hum0197
- 公開日
- 2024-11-06
- 更新日
- 2024-11-06
- DDBJ Search
- JGAD000876 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000741 (新しいタブで開きます)
解析手法
WGS
- 材料と対象者
- 自己免疫疾患（ICD10：L400、M0690、M329、J840、G35）：2,238症例
対照者：2,919名 - 健康状態罹患
- 対象者数8 (人数)
- 対象集団東アジア人
- 疾患
- 自己免疫疾患
- 試料説明
- 末梢血から抽出したDNA
- 組織末梢血単核球 (PBMC)、末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit
- 断片化
- 超音波断片化
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq X
Illumina NovaSeq 6000 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- QC・フィルタリング
- We conducted principal component analysis (PCA) against HapMap3 data using SNP data of the same individuals to confirm the East Asian genetic background.
- 加工データの種類
- アネロウイルス量
eHHV-6 presence/absence - 表現型データの有無
- あり
scRNA-seq
- 材料と対象者
- 全身性エリテマトーデス（SLE）（ICD10：M329）：8症例
eHHV-6B陽性：3症例
eHHV-6B陰性：5症例 - 健康状態罹患
- 対象者数8 (人数)
- 対象集団東アジア人
- 疾患
- 全身性エリテマトーデス（SLE）
- 試料説明
- PBMCから抽出したRNA
- 組織末梢血単核球 (PBMC)、末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scRNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Next GEM Chip G Single Cell Kit
Chromium Next GEM Single Cell 5' v1.1
Single Index Kit T Set A - 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 91 bp
- 加工データの種類
- アネロウイルス量
eHHV-6 presence/absence - 表現型データの有無
- あり