データセット ID
JGAD000875
- データの種類
- NGS（RNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 31.3 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- CSV
- 研究
- hum0477
- 公開日
- 2024-10-18
- 更新日
- 2025-05-28
- DDBJ Search
- JGAD000875 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000740 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- ・大腸がん（ICD10: C18.6）患者由来の健常腸管オルガノイド由来上皮細胞
B. longumとの共培養前：3検体
B. longumとの共培養後：3＋3検体
B. longumなしで培養後：7検体
・Caco-2細胞
B. longumとの共培養前：3検体
B. longumとの共培養後：3＋3検体
B. longumなしで培養後：7検体 - 健康状態混在
- 対象者数32 (検体数)
- 疾患
- 大腸がん
- 試料説明
- 上皮細胞またはCaco-2細胞より抽出したRNA
- 組織細胞株、Intestinal organoid
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 細胞株
- Caco-2
- 試料の入手元
- Caco-2細胞
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- IDT for Illumina RNA UD Indexes Set A-B Ligation
Illumina Stranded mRNA Prep - 断片化
- 高温条件下での陽イオンによる断片化
- プラットフォーム
- Illumina NextSeq 1000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- QC・フィルタリング
- FastQC
- 解析方法
- マッピング：HISAT2
- 遺伝子数
- 60,606 遺伝子