データセット ID
JGAD000861
- データの種類
- NGS（scRNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 71.5 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- CSV
- HDF5
- 研究
- hum0469
- 公開日
- 2024-08-19
- 更新日
- 2024-08-19
- DDBJ Search
- JGAD000861 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000728 (新しいタブで開きます)
解析手法
scRNA-seq
- 材料と対象者
- 妊娠初期スクリーニング検査を受けた妊婦（ICD10: O35.3）から採取した末梢血単核球：10名15検体
12週と20週ごろのペア：1名（2検体）
12週と36週ごろのペア：1名（2検体）
20週と36週ごろのペア：2名（4検体）
20週と28週ごろのペア：1名（2検体）
12週ごろ：2名（2検体）
20週ごろ：3名（3検体） - 健康状態罹患
- 対象者数10 (人数)
- 性別女性
- 疾患
- 妊娠初期スクリーニング検査を受けた妊婦 (O353)
- 試料説明
- PBMCから単離した抗原特異的T細胞より抽出したRNA
- 組織末梢血単核球 (PBMC)、末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scRNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Next GEM Chip G Single Cell Kit
Chromium Next GEM Single Cell 5' v2
Chromium Single Cell V(D)J - 断片化
- 上記キットに準拠
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 90 bp (28×)
- 参照ゲノム
- GRCh38
- QC・フィルタリング
- 以下の条件に該当するデータを除去
- 発現遺伝子数： < 1000、もしくは > 4000
- 総遺伝子発現カウント：< 2000、もしくは > 10,000
- ミトコンドリアの割合：> 10%
- TCR fragment genes - 解析方法
- - Cell Ranger v6.1.2 (10x Genomics) with the "multi" option
- Python package Scanpy v1.9.3（scRNA-seq解析）、Scirpy v0.13.0（TCR genotyping） - 遺伝子数
- 36,601