データセット ID
JGAD000853
- データの種類
- NGS（scRNA-seq、TCR-seq、CITE-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 482 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0522
- 公開日
- 2025-06-27
- 更新日
- 2025-12-11
- DDBJ Search
- JGAD000853 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000720 (新しいタブで開きます)
解析手法
scRNA-seq
- 材料と対象者
- 食道胃接合部がん（ICD10：C15.8）：2症例（7検体）
症例1：血液、腫瘍、転移リンパ節、非転移リンパ節、の4検体
症例2：血液、転移性肝がん、非転移リンパ節、の3検体
胃がん（ICD10：C16.9）：3症例（12検体）
症例3：血液、腫瘍、非転移リンパ節2カ所、の計4検体
症例4：血液、腫瘍、転移リンパ節、非転移リンパ節、の4検体
症例5：血液、腫瘍、非転移リンパ節2カ所、の計4検体 - 健康状態罹患
- 対象者数19 (検体数)
- 疾患
- 食道胃接合部がん (C158)
胃がん (C169) - 試料説明
- 検体から分離したT細胞より抽出したRNA
- 組織肝臓、リンパ節、末梢血、胃
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scRNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Next GEM Chip K Single Cell Kit
Chromium Next GEM Single Cell 5' v2 - 断片化
- 上記キットに準拠
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
MGI DNBSEQ-G400 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 91 bp
TCR-seq
- 材料と対象者
- 食道胃接合部がん（ICD10：C15.8）：2症例（7検体）
症例1：血液、腫瘍、転移リンパ節、非転移リンパ節、の4検体
症例2：血液、転移性肝がん、非転移リンパ節、の3検体
胃がん（ICD10：C16.9）：3症例（12検体）
症例3：血液、腫瘍、非転移リンパ節2カ所、の計4検体
症例4：血液、腫瘍、転移リンパ節、非転移リンパ節、の4検体
症例5：血液、腫瘍、非転移リンパ節2カ所、の計4検体 - 健康状態罹患
- 対象者数19 (検体数)
- 疾患
- 食道胃接合部がん (C158)
胃がん (C169) - 試料説明
- 検体から分離したT細胞より抽出したRNA
- 組織肝臓、リンパ節、末梢血、胃
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- TCR-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Next GEM Chip K Single Cell Kit
Chromium Single Cell Human TCR Amplification Kit - 断片化
- 上記キットに準拠
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
MGI DNBSEQ-G400 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 91 bp
CITE-seq
- 材料と対象者
- 食道胃接合部がん（ICD10：C15.8）：2症例（7検体）
症例1：血液、腫瘍、転移リンパ節、非転移リンパ節、の4検体
症例2：血液、転移性肝がん、非転移リンパ節、の3検体
胃がん（ICD10：C16.9）：3症例（12検体）
症例3：血液、腫瘍、非転移リンパ節2カ所、の計4検体
症例4：血液、腫瘍、転移リンパ節、非転移リンパ節、の4検体
症例5：血液、腫瘍、非転移リンパ節2カ所、の計4検体 - 健康状態罹患
- 対象者数19 (検体数)
- 疾患
- 食道胃接合部がん (C158)
胃がん (C169) - 試料説明
- 検体から分離したT細胞より抽出した細胞表面タンパク質とpolyA RNA
- 組織肝臓、リンパ節、末梢血、胃
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- CITE-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Next GEM Chip K Single Cell Kit
Chromium Next GEM Single Cell 5' v2 - 断片化
- 上記キットに準拠
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
MGI DNBSEQ-G400 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 91 bp