データセット ID
JGAD000847
- データの種類
- NGS（Target Capture、RNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 283 GB
- ファイル形式
- BAM
- TXT
- CSV
- 研究
- hum0460
- 公開日
- 2025-01-30
- 更新日
- 2025-01-30
- DDBJ Search
- JGAD000847 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000714 (新しいタブで開きます)
解析手法
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- 進行性尿路上皮がん（膀胱がん・上部尿路上皮がん）（ICD10：C66、C67）：82症例
血漿cfDNA：158検体
腫瘍組織：73検体 - 健康状態罹患
- 対象者数82 (人数)
- 疾患
- 進行性尿路上皮がん（膀胱がん・上部尿路上皮がん） (C66, C67)
- 試料説明
- 血漿cfDNAおよび腫瘍組織より抽出したDNA
- 組織血漿
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
- 測定対象
- 尿路上皮がんに代表的な53遺伝子＋TERT promoter
AKT1、AKT2、AKT3、ARID1A、ASXL2、ATM、BRAF、CCND1、CCND2、CCND3、CCNE1、CDK4、CDK6、CDKN1A、CDKN2A 、CREBBP、E2F3、EGFR、ELF3、EP300、ERBB2、ERBB3、ERCC2、FAT1、FBXW7、FGFR1、FGFR3、JAK1、JAK2、KDM6A、KMT2A、KMT2C、KMT2D、MAP2K4、MDM2、NF1、PBRM1、PIK3A、PPARG、PTEN、RAC1、RAF1、RAS、RB1、SPTAN1、STAG2、TERT、TP53、TSC1、TSC2、MLH1、MSH2、MSH6、PMS2 - 試薬キット
- ThruPLEX Tag-Seq Kit
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris S220）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq X
Illumina NovaSeq 6000 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 200 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- eVIDENCE pipline
- マッピング品質
- N/A
- 解析方法
- eVIDENCE pipline
- カバレッジ (深度)
- 1086x
- バリアント数
- 683
RNA-seq
- 材料と対象者
- 進行性尿路上皮がん（膀胱がん・上部尿路上皮がん）（ICD10：C66、C67）：82症例
腫瘍組織：68検体 - 健康状態罹患
- 対象者数82 (人数)
- 疾患
- 進行性尿路上皮がん（膀胱がん・上部尿路上皮がん） (C66, C67)
- 試料説明
- 腫瘍組織より抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit
- 断片化
- 高温条件下での2価陽イオンによる断片化
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 200 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- Genomon 2.6.3
- マッピング品質
- N/A
- QC・フィルタリング
- Genomon 2.6.3
- 解析方法
- Genomon 2.6.3