2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2025-12-04
- 更新日
- 2025-12-04
- 研究
- hum0430
- データの種類
- NGS(RNA-seq、Exome)
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000655
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
進行大腸がん(ICD10: C189): 14症例 腫瘍組織: 14検体、大腸腺腫: 1検体、正常腸管粘膜: 65検体 早期大腸がん(ICD10: C189): 41症例 腫瘍組織: 38検体、大腸腺腫: 5検体、正常腸管粘膜: 160検体 大腸腺腫(ICD10: D126): 6症例 大腸腺腫: 11検体、正常腸管粘膜: 33検体 健常者: 17名 正常腸管粘膜: 61検体
- 実験方法
RNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
腫瘍組織、腺腫、正常腸管粘膜組織から抽出したRNA
- ライブラリ構築
TruSeq Stranded mRNA
- 断片化
熱処理
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
100 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
1.1 TB (fastq)
- 利用ポリシー
WES
- 材料と対象者
進行大腸がん(ICD10: C189): 24症例 腫瘍組織: 25検体、大腸腺腫: 1検体、正常腸管粘膜: 24検体 早期大腸がん(ICD10: C189): 23症例 腫瘍組織: 23検体、大腸腺腫: 6検体、正常腸管粘膜: 23検体
- 実験方法
Exome
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
腫瘍組織、大腸腺腫、正常腸管粘膜組織から抽出したDNA
- ライブラリ構築
Illumina DNA Prep with Enrichment、Twist Comprehensive Exome Panel
- 断片化
熱処理
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
150 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
1.0 TB (fastq)
- 利用ポリシー