データセット ID
JGAD000785
- データの種類
- NGS（RNA-seq、Exome）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 2.2 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0430
- 公開日
- 2025-12-04
- 更新日
- 2025-12-04
- DDBJ Search
- JGAD000785 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000655 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- 進行大腸がん（ICD10：C189）：14症例
腫瘍組織：14検体、大腸腺腫：1検体、正常腸管粘膜：65検体
早期大腸がん（ICD10：C189）：41症例
腫瘍組織：38検体、大腸腺腫：5検体、正常腸管粘膜：160検体
大腸腺腫（ICD10：D126）：6症例
大腸腺腫：11検体、正常腸管粘膜：33検体
健常者：17名
正常腸管粘膜：61検体 - 健康状態混在
- 対象者数78 (人数)
- 疾患
- 進行大腸がん
- 早期大腸がん
- 大腸腺腫
- 試料説明
- 腫瘍組織、腺腫、正常腸管粘膜組織から抽出したRNA
- 組織大腸
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit
- 断片化
- 熱処理
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
WES
- 材料と対象者
- 進行大腸がん（ICD10：C189）：24症例
腫瘍組織：25検体、大腸腺腫：1検体、正常腸管粘膜：24検体
早期大腸がん（ICD10：C189）：23症例
腫瘍組織：23検体、大腸腺腫：6検体、正常腸管粘膜：23検体 - 健康状態罹患
- 対象者数47 (人数)
- 疾患
- 進行大腸がん
- 早期大腸がん
- 試料説明
- 腫瘍組織、大腸腺腫、正常腸管粘膜組織から抽出したDNA
- 組織大腸
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Illumina DNA Prep with Enrichment
Twist Comprehensive Exome Panel - 断片化
- 熱処理
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp