データセット ID
JGAD000778
- データの種類
- NGS（scRNA-seq）解析によるカウントデータ
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 40.2 MB
- ファイル形式
- CSV
- 研究
- hum0214
- 公開日
- 2024-02-14
- 更新日
- 2024-02-14
- DDBJ Search
- JGAD000778 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000648 (新しいタブで開きます)
解析手法
scRNA-seq
- 材料と対象者
- 炎症性筋疾患（ICD10：M339、M332）：6症例
筋生検検体：3症例3検体、気管支洗浄液検体：3症例3検体
対照健常者：1名
末梢血：1検体 - 健康状態健常
- 対象者数7 (人数)
- 疾患
- 炎症性筋疾患
- 試料説明
- 筋組織・気管支洗浄液より分取したCD45陽性細胞および末梢血より分取したCD4T細胞より抽出したtotal RNA
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scRNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Next GEM Single Cell 5' v2
- 断片化
- Chromium Next GEM Single Cell 5' Reagent Kit v2 Dual Index
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- Cell Ranger （GRCh38）
- QC・フィルタリング
- 検出遺伝子数が、末梢血検体は500～3,500、筋生検検体は1,500～5,500、気管支洗浄液検体は1,000～5,500の細胞、およびミトコンドリア遺伝子のリードはいずれも5%未満である細胞を解析に使用した。
- 遺伝子数
- 末梢血: 17,441 genes
筋生検: 18,184 genes
気管支洗浄液: 20,314 genes - 加工データの種類
- カウントデータ