2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
NBDC ヒトデータベース申請業務ならびにJGA関係の業務につきまして、以下の期間休業いたします：2026年8月12日(水) 〜 2026年8月17日(月) 休業期間中にいただいた申請やお問い合わせ等は、休業明けの 8月18日(火) より順次対応させていただきます。 上記休業期間の前後は通常より対応が遅れることがあります。予めご了承ください。 ご迷惑をおかけいたしますが、ご理解とご協力をお願いいたします。
- 公開日
- 2024-02-14
- 更新日
- 2026-06-09
- 研究
- hum0214
- データの種類
- NGS(scRNA-seq)解析によるカウントデータ
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000648
解析手法
scRNA-seq
- 材料と対象者
炎症性筋疾患(ICD10: M339、M332): 6症例 筋生検検体: 3症例3検体、気管支洗浄液検体: 3症例3検体 対照健常者: 1名 末梢血: 1検体
- 実験方法
scRNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
筋組織・気管支洗浄液より分取したCD45陽性細胞および末梢血より分取したCD4T細胞より抽出したtotal RNA
- ライブラリ構築
Chromium Next GEM Single Cell 5' Reagent Kit v2 Dual Index
- 断片化
Chromium Next GEM Single Cell 5' Reagent Kit v2 Dual Index
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
150 bp
- フィルタリング
検出遺伝子数が、末梢血検体は500～3,500、筋生検検体は1,500～5,500、気管支洗浄液検体は1,000～5,500の細胞、およびミトコンドリア遺伝子のリードはいずれも5%未満である細胞を解析に使用した。
- マッピング
Cell Ranger (GRCh38)
- 遺伝子数
末梢血: 17,441 genes 筋生検: 18,184 genes 気管支洗浄液: 20,314 genes
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
40.2 MB(各遺伝子にマップされたリードのカウントデータ、txt)
- 利用ポリシー