データセット ID
JGAD000771
- データの種類
- NGS（Exome）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 22.9 GB
- ファイル形式
- BAM
- BAI
- VCF
- TBI
- 研究
- hum0419
- 公開日
- 2024-04-24
- 更新日
- 2024-04-24
- DDBJ Search
- JGAD000771 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000641 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- 肺大細胞神経内分泌がん（ICD10：C34.1、C34.3）：3症例
腫瘍細胞3検体より樹立したオルガノイド：3検体 - 健康状態罹患
- 対象者数3 (人数)
- 疾患
- 肺大細胞神経内分泌がん (C341, C343)
- 試料説明
- 腫瘍細胞より樹立したオルガノイドから抽出したDNA
- 組織オルガノイド
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureSelect Human All Exon V6
SureSelect XT Reagent Kit - 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 151 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- DRAGEN Bio-IT Platform 3.9.5
- マッピング品質
- MAPQ >= 40 のリードが93.51%
- カバレッジ (深度)
- 98.21x