データセット ID
JGAD000766
- データの種類
- NGS（RNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 3.3 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0423
- 公開日
- 2024-10-24
- 更新日
- 2024-12-26
- DDBJ Search
- JGAD000766 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000636 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- サルコイドミオパチー（ICD10：D86.8、G73.7）：22症例（22検体）
ショートリードRNAシークエンス：16症例（16検体）
ロングリードRNAシークエンス：6症例（6検体）
筋疾患（サルコイドミオパチー以外）：400症例（400検体）
ショートリードRNAシークエンス：400症例（400検体） - 健康状態罹患
- 対象者数422 (人数)
- 疾患
- サルコイドミオパチー (D868, G737)
- 試料説明
- 筋組織病変部位から抽出したRNA
- 組織筋肉
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- cDNA-PCR Sequencing Kit
- 断片化
- MGI：ランダムプライミングによる逆転写
Nanopore：- - プラットフォーム
- MGI DNBSEQ-G400
Oxford Nanopore Technologies PromethION - リードタイプ
- 混在
- リード長
- MGI: 100 bp
Nanopore: 918 bp (平均)
snRNA-seq
- 材料と対象者
- サルコイドミオパチー（ICD10：D86.8、G73.7）：2症例（2検体）
1症例はRNA-seqと重複 - 健康状態罹患
- 対象者数2 (人数)
- 疾患
- サルコイドミオパチー (D868, G737)
- 試料説明
- 筋組織病変部位から抽出したRNA
- 組織筋肉
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scRNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Next GEM Single Cell 3' v3.1
- 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp