データセット ID
JGAD000756
- データの種類
- NGS（RNA-seq）解析によるリードカウントデータ
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 129 MB
- ファイル形式
- TXT
- 研究
- hum0214
- 公開日
- 2024-02-14
- 更新日
- 2024-02-14
- DDBJ Search
- JGAD000756 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000627 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- 全身性エリテマトーデス（ICD10：M329）：136症例
対照健常者：89名 - 健康状態健常
- 疾患
- 全身性エリテマトーデス
- 試料説明
- 末梢血免疫細胞27画分（Naive_CD4, Th1, Th2, Th17, Tfh, Fr._I_nTreg, Fr._II_eTreg, Fr._III_T, ThA, Naive_CD8, Naive_B, SM_B, USM_B, DN_B, Plasmablast, NK, CD16p_Mono, CL_Mono, Neu, mDC, pDC, TEMRA_CD8, CM_CD8, EM_CD8, NC_Mono, Int_Mono, LDG）より抽出したtotal RNA
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit
- 断片化
- SMART-seq v4 Ultra Low Input RNA Kit
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
Illumina NovaSeq 6000 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp (HiSeq 2500)
150 bp (NovaSeq 6000) - 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- STAR（GRCh38）
- QC・フィルタリング
- アダプター配列及び3'の低クオリティー塩基をトリムした（Phred quality score < 20）。低クオリティーの塩基が20%を超えるリードを除去した。ユニークマップ率が80%未満、もしくはユニークマップリード数が5.00 x 10⁶未満のサンプルは除去した。同一サブセット内の遺伝子発現の相関係数（Di）が0.9未満のサンプルは除去した。同一個人のwhole genome sequencingのhetero locusに対するgenotypeの一致率が0.9未満のサンプルは除去した。
- 遺伝子数
- 26,353
- 加工データの種類
- カウントデータ