データセット ID
JGAD000755
- データの種類
- NGS（RNA-seq）解析によるリードカウントデータ
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 36.3 MB
- ファイル形式
- TXT
- 研究
- hum0214
- 公開日
- 2024-02-14
- 更新日
- 2024-02-14
- DDBJ Search
- JGAD000755 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000626 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- 関節リウマチ（ICD10：M0690）：19症例
全身性エリテマトーデス（ICD10：M329）：62症例
特発性炎症性筋疾患（ICD10：M339、M332）：40症例
対照健常者：64名 - 健康状態健常
- 疾患
- 関節リウマチ
- 全身性エリテマトーデス
- 特発性炎症性筋疾患
- 試料説明
- 末梢血免疫細胞9画分（Naive_CD4, Th1, Th2, Th17, Tfh, Fr._I_nTreg, Fr._II_eTreg, Fr._III_T, ThA）より抽出したtotal RNA
- 組織CD4 陽性 T 細胞、末梢血、T 細胞、Treg cell
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit
- 断片化
- SMART-seq v4 Ultra Low Input RNA Kit
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- STAR（GRCh38）
- QC・フィルタリング
- cutadapt (v1.16)およびfastx-toolkit（v0.0.14）を用いてアダプター配列及び3'の低クオリティー塩基をトリムした（Phred quality score < 20）。低クオリティーの塩基が20%を超えるリードを除去した。STAR（v2.5.3）のtwo-pass modeを用いてGRCh38へのマッピングを行った（Gencode version 27アノテーション）。ユニークマップ率が90%未満（Plasmablastでは70%未満、他のB細胞サブセットでは<85%未満）、もしくはユニークマップリード数が6.00 x 10^6未満のサンプルは除去した。遺伝子発現はHTSeq（v 0.11.2）で定量した。各細胞分画で低発現遺伝子（90%を超えるサンプルで10リード未満）を除外し、edgeRのTMMノーマライゼーションを実施、ログcount per million（CPM）変換、ComBatによるバッチ除去を行った上で、同一サブセット内の遺伝子発現のSpearman相関係数を計算し、平均値が0.9未満のサンプルを除外した。
- 遺伝子数
- 26,353
- 加工データの種類
- カウントデータ