データセット ID
JGAD000748
- データの種類
- NGS（Exome）
NGS（RNA-seq）
NGS（Target Capture） - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 454 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- BAM
- 研究
- hum0409
- 公開日
- 2023-06-27
- 更新日
- 2023-06-27
- DDBJ Search
- JGAD000748 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000619 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- MDM2増幅内膜肉腫 （ICD-O-3：9137/3）：11症例
FFPE腫瘍組織：13検体
対照正常血液細胞：11検体 - 健康状態混在
- 対象者数24 (混在)
- 試料説明
- 腫瘍組織および正常血液細胞から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- KAPA Hyper Prep Kit
SureSelect Human All Exon V7
SureSelect XT Reagent Kit - 断片化
- 超音波断片化 （Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina NextSeq 500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 75 bp
RNA-seq
- 材料と対象者
- MDM2増幅内膜肉腫 （ICD-O-3：9137/3）：10症例
FFPE腫瘍組織：12検体 - 健康状態罹患
- 対象者数12 (検体数)
- 試料説明
- FFPE腫瘍組織から抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureSelect Human All Exon V7
SureSelect XT HS2 RNA Reagent Kit - 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina NextSeq 500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 145 bp
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- MDM2増幅内膜肉腫 （ICD-O-3：9137/3）：10症例
血液試料中のセルフリーDNA（cfDNA）：26検体
対照正常血液細胞：10検体 - 健康状態混在
- 対象者数36 (混在)
- 試料説明
- 血中cfDNAおよび正常血液細胞から抽出したDNA
- 組織cfDNA、末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
- 測定対象
- 737遺伝子
- 試薬キット
- Twist Library Preparation EF Kit
- 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- BWA
- マッピング品質
- 0以上
- カバレッジ (深度)
- 438–2221x