データセット ID
JGAD000745
- データの種類
- NGS（Visium Spatial Gene Expression）、病理画像
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 65.8 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- TSV
- CSV
- XLSX
- JSON
- MTX
- CLOUPE
- HTML
- PNG
- TIFF
- 研究
- hum0399
- 公開日
- 2024-06-12
- 更新日
- 2024-06-12
- DDBJ Search
- JGAD000745 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000616 (新しいタブで開きます)
解析手法
Visium 空間トランスクリプトーム + 病理画像
- 材料と対象者
- 転移リンパ節を有する乳がん（ICD10：C509）：2症例
非転移リンパ節：2検体、転移リンパ節：2検体、計4検体 - 健康状態罹患
- 対象者数2 (人数)
- 疾患
- 転移リンパ節を有する乳がん (C509)
- 試料説明
- リンパ節組織より抽出したRNA
- 組織リンパ節
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Histological image
Spatial transcriptomics - 測定対象
- N/A
- 試料の処理
- 組織染色: HE染色
- 試薬キット
- Visium CytAssist Spatial Gene Expression for FFPE
- 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- 参照ゲノム
- GRCh38
- 解析方法
- Space Ranger v2.0.0