データセット ID
JGAD000738
- データの種類
- NGS（Exome）
NGS（RNA-seq）
NGS（ATAC-seq） - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 592 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0357
- 公開日
- 2023-08-08
- 更新日
- 2024-05-02
- DDBJ Search
- JGAD000738 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000609 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- 肺がん （ICD10：C349）
【オルガノイド】
27＋6症例（30＋10検体）
【腫瘍組織】
10症例（10検体） - 健康状態罹患
- 対象者数43 (人数)
- 疾患
- 肺がん
- 試料説明
- 腫瘍組織または腫瘍組織から樹立したオルガノイドより抽出したDNA
- 組織オルガノイド
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureSelect Human All Exon V6
- 断片化
- 超音波断片化
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
RNA-seq
- 材料と対象者
- 肺がん （ICD10：C349）
【オルガノイド】
33＋6症例（38＋10検体）
（v4に正常肺オルガノイド6症例8検体含む） - 健康状態混在
- 対象者数39 (人数)
- 疾患
- 肺がん
- 試料説明
- 腫瘍組織または正常肺から樹立したオルガノイドより抽出したRNA
- 組織オルガノイド
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq RNA Library Prep Kit
- 断片化
- TruSeq RNA Library Prep Kit v2
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
ATAC-seq
- 材料と対象者
- 肺がん （ICD10：C349）
【オルガノイド】
14＋2症例（14＋3検体） - 健康状態罹患
- 対象者数16 (人数)
- 疾患
- 肺がん
- 試料説明
- 腫瘍組織から樹立したオルガノイドより抽出したDNA
- 組織オルガノイド
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- ATAC-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Nextera XT DNA Library Prep Kit
- 断片化
- Tn5 transposase
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq X
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp