データセット ID
JGAD000727
- データの種類
- NGS（RNA-seq）解析によるリードカウントデータ
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 114 MB
- ファイル形式
- TXT
- 研究
- hum0214
- 公開日
- 2023-03-28
- 更新日
- 2023-03-28
- DDBJ Search
- JGAD000727 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000598 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- 関節リウマチ（ICD10：M0690）：50症例
（15症例については、経時的な解析を実施）
対照健常者：39名
（対象の一部はE-GEAD-397と重複） - 健康状態健常
- 対象者数89 (人数)
- 疾患
- 関節リウマチ
- 試料説明
- 末梢血免疫細胞18画分（CD16p_Mono, CL_Mono, DN_B, Fr_II_eTreg, mDC, Mem_CD4, Naive_B, Naive_CD4, Neu, NK, pDC, Plasmablast, SM_B, Tfh, Th1, Th17, Th2, USM_B）より抽出したtotal RNA
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit
- 断片化
- SMART-seq v4 Ultra Low Input RNA Kit
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- STAR（hg38）
- QC・フィルタリング
- アダプター配列及び3'の低クオリティー塩基をトリムした（Phred quality score < 20）。50塩基未満のリード、及び低クオリティーの塩基を多く含むリード（20%を超える塩基で、Phred quality score < 20）を除去した。ユニークマップ率が80%未満、もしくはユニークマップリード数が5.00 x 10⁶未満のサンプルは除去した。同一サブセット内の遺伝子発現の相関係数（Di）を計算した。Diが平均-2標準偏差未満のサンプルは除去した。
- 遺伝子数
- 26,353
- 加工データの種類
- カウントデータ