データセット ID
JGAD000714
- データの種類
- NGS（WGS）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 488 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- BAM
- TXT
- 研究
- hum0382
- 公開日
- 2023-01-20
- 更新日
- 2023-01-20
- DDBJ Search
- JGAD000714 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000587 (新しいタブで開きます)
解析手法
WGS
- 材料と対象者
- FUS-ERGを伴うAML（ICD10：C92.0）：1症例3検体
1. 初診時（MDS）の骨髄細胞：1検体
2. AML発症時（再発時）の骨髄細胞：1検体
3. 口腔内スワブ：1検体 - 健康状態罹患
- 対象者数1 (人数)
- 疾患
- FUS-ERGを伴うAML (C920)
- 試料説明
- 骨髄細胞および口腔内スワブから抽出したDNA
- 組織骨髄、口腔粘膜
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq Nano DNA Library Prep Kit
- 断片化
- 超音波断片化 （Covaris S220）
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- DRAGEN DNA Pipeline
- マッピング品質
- 1. マップされたリード：83.26％、ユニークリード：77.34％
2. マップされたリード：94.94％、ユニークリード：89.15％
3. マップされたリード：95.09％、ユニークリード：85.93％ - 解析方法
- DRAGEN DNA Pipeline（Somatic Mode [tumor-normal pipeline]）
- カバレッジ (深度)
- 27.96x (項目1、mean)
54.68x (項目2、mean)
65.07x (項目3、mean) - カバレッジ (割合)
- Pct > 0.2*mean: 97.61% (項目1)
Pct > 0.2*mean: 97.66% (項目2)
Pct > 0.2*mean: 97.62% (項目3)