データセット ID
JGAD000678
- データの種類
- NGS（WGS）
NGS（Exome）
NGS（RNA-seq）
NGS（ATAC-seq）
メチル化アレイ - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 3.0 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- IDAT
- 研究
- hum0357
- 公開日
- 2022-11-02
- 更新日
- 2023-02-07
- DDBJ Search
- JGAD000678 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000557 (新しいタブで開きます)
解析手法
WGS
- 材料と対象者
- 肺がん （ICD10：C349）：22症例
- 健康状態罹患
- 対象者数22 (人数)
- 疾患
- 肺がん
- 試料説明
- 腫瘍組織から樹立したオルガノイドより抽出したDNA
- 組織オルガノイド
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureSelect Human All Exon V6
- 断片化
- 超音波断片化
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
WES
- 材料と対象者
- 肺がん （ICD10：C349）
【オルガノイド】
21症例 - 健康状態罹患
- 対象者数95 (人数)
- 疾患
- 肺がん
- 試料説明
- 腫瘍組織または腫瘍組織から樹立したオルガノイドより抽出したDNA
- 組織オルガノイド
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureSelect Human All Exon V6
- 断片化
- 超音波断片化
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
RNA-seq
- 材料と対象者
- 肺がん （ICD10：C349）
【オルガノイド】
43症例 - 健康状態混在
- 対象者数113 (人数)
- 疾患
- 肺がん
- 試料説明
- 腫瘍組織または正常肺から樹立したオルガノイドより抽出したRNA
- 組織オルガノイド
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq RNA Library Prep Kit
- 断片化
- TruSeq RNA Library Prep Kit v2
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
ATAC-seq
- 材料と対象者
- 肺がん （ICD10：C349）
【オルガノイド】
42症例 - 健康状態罹患
- 対象者数83 (人数)
- 疾患
- 肺がん
- 試料説明
- 腫瘍組織から樹立したオルガノイドより抽出したDNA
- 組織オルガノイド
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- ATAC-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Nextera XT DNA Library Prep Kit
- 断片化
- Tn5 transposase
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq X
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
メチル化アレイ
- 材料と対象者
- 肺がん （ICD10：C349）：42症例
- 健康状態罹患
- 対象者数42 (人数)
- 疾患
- 肺がん
- 試料説明
- 腫瘍組織から樹立したオルガノイドより抽出したDNA
- 組織オルガノイド
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Methylation array
- 測定対象
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina Infinium MethylationEPIC
- プローブ数
- 850,000