データセット ID
JGAD000674
- データの種類
- NGS（Target Capture、WGS、scRNA-seq、scATAC-seq、ChIP-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 4.7 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0252
- 公開日
- 2023-12-06
- 更新日
- 2025-12-09
- DDBJ Search
- JGAD000674 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000553 (新しいタブで開きます)
解析手法
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- ATL（ICD10：C915）：4＋6症例（計30＋23検体）
（正常細胞：4＋11検体、バレメトスタット投薬前の腫瘍細胞：4＋6検体、バレメトスタット投薬後の腫瘍細胞：22＋6検体） - 健康状態罹患
- 対象者数10 (人数)
- 疾患
- ATL (C915)
- 試料説明
- ATL患者及びHTLV-1感染者末梢血の感染細胞分画及び非感染細胞分画ならびに正常細胞および腫瘍細胞から抽出したDNA（CD4+ T細胞、PBMC）
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
- 試薬キット
- SureSelect Target Enrichment System
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
Illumina HiSeq 3000
Illumina NovaSeq 6000 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- JGAD000412、JGAD000674: 200 bp
JGAD000674(追加): 100 bp
scRNA-seq
- 材料と対象者
- ATL（ICD10：C915）：3＋3症例（計10＋11検体）
（末梢血リンパ球 バレメトスタット投薬前：3＋7検体、バレメトスタット投薬後：7＋4検体） - 健康状態罹患
- 対象者数6 (人数)
- 疾患
- ATL (C915)
- 試料説明
- ATL患者末梢血の感染細胞分画、非感染細胞分画のCD4+T細胞（シングルセル）および末梢血リンパ球から抽出したRNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scRNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Single Cell 3' v2
Chromium Single Cell 5' - 断片化
- 上記キットに準拠（酵素反応）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
Illumina HiSeq 3000
Illumina NovaSeq 6000 - リードタイプ
- 混在
- リード長
- JGAD000412、JGAD000674: 124 bp
JGAD000674(追加): 91–98 bp
WGS
- 材料と対象者
- ATL（ICD10：C915）：3症例（計9検体）
（正常細胞：3検体、バレメトスタット投薬前の腫瘍細胞：3検体、バレメトスタット投薬後の腫瘍細胞：3検体） - 健康状態罹患
- 対象者数3 (人数)
- 疾患
- ATL (C915)
- 試料説明
- ATL患者の正常細胞および腫瘍細胞から抽出したDNA
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- MGIEasy PCR-Free DNA Library Prep Set
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- MGI DNBSEQ-G400
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 300 bp
scATAC-seq
- 材料と対象者
- ATL（ICD10：C915）：3＋3症例（計10＋11検体）
（末梢血リンパ球 バレメトスタット投薬前：3＋7検体、バレメトスタット投薬後：7＋4検体） - 健康状態罹患
- 対象者数21 (検体数)
- 疾患
- ATL (C915)
- 試料説明
- ATL患者のリンパ球から抽出したDNA
- 組織リンパ球、末梢血
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scATAC-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Next GEM Single Cell ATAC v1.1
- 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
JGAD000674(追加): 49 bp (50×)
ChIP-seq
- 材料と対象者
- ATL（ICD10：C915）：1＋2症例
健常者：1名（セルライン） - 健康状態混在
- 対象者数4 (人数)
- 疾患
- ATL (C915)
- 試料説明
- ATL患者腫瘍細胞および健常者のCD4+T細胞より抽出したDNAについて免疫沈降（H3K27me3、H3K27ac）を実施
・ATL患者腫瘍細胞
バレメトスタット投薬前：コントロール 1＋2検体、免疫沈降 2＋2検体
バレメトスタット投薬後：免疫沈降 2＋4検体
・健常者：コントロール 1検体、免疫沈降 2検体 - 組織CD4 陽性 T 細胞
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- ヒト末梢血CD4+T細胞（Lonza Catalog #: 2W-200）
- 実験方法
- ChIP-seq
- 測定対象
- N/A
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina NextSeq 500
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 75 bp