データセット ID
JGAD000656
- データの種類
- NGS（Exome）
アレイCGH - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 118 GB
- ファイル形式
- BAM
- TXT
- 研究
- hum0348
- 公開日
- 2023-05-16
- 更新日
- 2023-05-16
- DDBJ Search
- JGAD000656 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000537 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- ATL（ICD10：C91.5）：8症例
CD30発現ATL細胞：8検体
CD30非発現ATL細胞：8検体
HTLV-1非感染リンパ球：8検体 - 健康状態罹患
- 対象者数8 (人数)
- 疾患
- ATL (C915)
- 試料説明
- PBMCの各分画から抽出したDNA
- 組織末梢血単核球 (PBMC)、末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureSelect Human All Exon V6
- 断片化
- 超音波断片化 （Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- Trimmomatic（v.0.38）、DRAGEN Bio-IT Platform（v.3.7.5）
- マッピング品質
- N/A
- カバレッジ (深度)
- 83.6x
アレイ CGH
- 材料と対象者
- ATL（ICD10：C91.5）：8症例
- 健康状態罹患
- 対象者数8 (人数)
- 疾患
- ATL (C915)
- 試料説明
- PBMCの各分画から抽出したDNA
- 組織末梢血単核球 (PBMC)、末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Array CGH
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureTag Complete DNA Labeling Kit
- プラットフォーム
- Agilent GenetiSure Cancer Research CGH+SNP Microarray 2 x 400K
- QC・フィルタリング
- ADM-2 algorithm、Threshokd value：5.5
- 解析方法
- Cytogenomics v5.0