データセット ID
JGAD000651
- データの種類
- NGS（RNA-seq）から得られたTranscripts Per Kilobase Million（TPM）データ
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 48.0 MB
- ファイル形式
- TXT
- 研究
- hum0215
- 公開日
- 2022-10-03
- 更新日
- 2022-10-03
- DDBJ Search
- JGAD000651 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000532 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- アルツハイマー病（ICD10：F00）：317症例
軽度認知障害（ICD10：F06.7）：432症例
認知機能正常：107名 - 健康状態混在
- 対象者数856 (人数)
- 疾患
- アルツハイマー病 (F00)
軽度認知障害 (F067) - 試料説明
- 末梢血から抽出したRNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- IDT for Illumina TruSeq DNA UD Indexes
TruSeq Stranded Total RNA Library Prep Kit with Ribo-Zero Globin - 断片化
- 酵素反応（Elute, Prime, Fragment High Mix）
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 151 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- STAR（ver. 2.5.2b）
- QC・フィルタリング
- FastQC（ver. 0.11.7）、Cutadapt（ver. 1.16）
- 解析方法
- subread package（ver. 1.6.6）
- 遺伝子数
- 50,000 (約)
- 加工データの種類
- TPM
- 表現型データの有無
- あり