データセット ID
JGAD000648
- データの種類
- NGS（WGS、Exome、RNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 234 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- BAM
- 研究
- hum0152
- 公開日
- 2022-11-10
- 更新日
- 2022-11-10
- DDBJ Search
- JGAD000648 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000529 (新しいタブで開きます)
解析手法
WGS
- 材料と対象者
- LLTV（ICD10：C49、C51）：1症例
- 健康状態罹患
- 対象者数1 (人数)
- 疾患
- LLTV (C49, C51)
- 試料説明
- 腫瘍組織および血液から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Twist Library Preparation EF Kit
- 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- BWA-MEM
- マッピング品質
- MAPQ < 20 を除外
- カバレッジ (深度)
- 81x
WES
- 材料と対象者
- LLTV（ICD10：C49、C51）：1症例
- 健康状態罹患
- 対象者数1 (人数)
- 疾患
- LLTV (C49, C51)
- 試料説明
- 腫瘍組織および血液から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Twist Comprehensive Exome Panel
Twist Library Preparation EF Kit - 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- BWA-MEM
- マッピング品質
- MAPQ < 20 を除外
- カバレッジ (深度)
- 431x
RNA-seq
- 材料と対象者
- LLTV（ICD10：C49、C51）：1症例
- 健康状態罹患
- 対象者数1 (人数)
- 疾患
- LLTV (C49, C51)
- 試料説明
- 腫瘍組織から抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit for Illumina
- 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp