データセット ID
JGAD000642
- データの種類
- NGS（Target Capture）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 109 GB
- ファイル形式
- BAM
- 研究
- hum0286
- 公開日
- 2022-11-15
- 更新日
- 2022-11-15
- DDBJ Search
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- JGA Study
- JGAS000523 (新しいタブで開きます)
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0286_ | 69遺伝子 | 9.8 KB |
解析手法
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- 肝細胞がん（ICD10：C220）：55症例
腫瘍組織：55検体、非腫瘍組織：55検体 - 健康状態罹患
- 対象者数55 (人数)
- 疾患
- 肝細胞がん (C220)
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
- 測定対象
- TERT遺伝子プロモータ領域＋69遺伝子のエクソン領域
- 試薬キット
- Ion AmpliSeq Library Kit for Chef DL8
Ion AmpliSeq Library Kit Plus - 断片化
- PCR
- プラットフォーム
- Thermo Fisher Scientific Ion Proton
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 220 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- BWA
- マッピング品質
- Qscore >=20
- カバレッジ (深度)
- 腫瘍組織: 2000x
非腫瘍組織: 1000x