データセット ID
JGAD000629
- データの種類
- NGS（Exome）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 269 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0195
- 公開日
- 2022-03-04
- 更新日
- 2025-12-08
- DDBJ Search
- JGAD000629 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000269 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- C型肝炎ウイルス排除後に肝がんを発症した慢性肝炎/肝硬変（ICD10：K746、C220）：12症例
腫瘍組織：12検体
末梢血より単離したリンパ球：12検体
胃がんを伴う慢性胃炎（ICD10：C169）：11症例
腫瘍組織：11検体、非腫瘍組織：38検体、末梢血：11検体
胃がん（ICD10：C169）：1 ＋ 1症例
腫瘍組織：2検体、非腫瘍組織：2＋3検体、末梢血：1＋1検体
胃粘膜下腫瘍（ICD10：D371）：3症例
非腫瘍組織：6検体、末梢血：3検体 - 健康状態罹患
- 対象者数28 (人数)
- 疾患
- C型肝炎ウイルス排除後に肝がんを発症した慢性肝炎/肝硬変 (K746, C220)
胃がんを伴う慢性胃炎 (C169)
胃がん (C169)
胃粘膜下腫瘍 (D371) - 試料説明
- 肝がん症例の腫瘍組織および末梢血より単離したリンパ球から抽出したDNA
胃がんおよび胃粘膜下腫瘍症例の腫瘍組織、非腫瘍組織、ならびに末梢血から抽出したDNA - 組織リンパ球、末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Ion AmpliSeq Exome RDY Kit
- 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Thermo Fisher Scientific Ion Proton
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 150 bp