データセット ID
JGAD000530
- データの種類
- NGS（Exome、RNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 246 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- BAM
- 研究
- hum0317
- 公開日
- 2021-12-07
- 更新日
- 2021-12-07
- DDBJ Search
- JGAD000530 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000413 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- 非小細胞肺がん（ICD10：C349）
患者生殖細胞系列細胞：3症例 3検体
患者腫瘍組織：4症例 4検体
PDX腫瘍組織：4症例 12検体
がん（ICD10：C00-C97）
患者生殖細胞系列細胞：44＋269症例 44＋269検体
患者腫瘍組織：125症例 125検体
PDX腫瘍組織：52＋269症例 52＋795検体 - 健康状態罹患
- 対象者数770 (人数)
- 疾患
- 非小細胞肺がん
- がん
- 試料説明
- 患者生殖細胞系列細胞、患者腫瘍およびPDX腫瘍から抽出したDNA
- 組織PDX (患者由来異種移植)
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Twist Comprehensive Exome Panel
- 断片化
- 酵素反応、超音波断片化
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
GRCm38
RNA-seq
- 材料と対象者
- 非小細胞肺がん（ICD10：C349）
患者腫瘍組織：2症例2検体
PDX腫瘍組織：4症例12検体
がん（ICD10：C00-C97）
PDX腫瘍組織：51症例51検体 - 健康状態罹患
- 対象者数57 (人数)
- 疾患
- 非小細胞肺がん
- がん
- 試料説明
- 患者腫瘍およびPDX腫瘍から抽出したRNA
- 組織PDX (患者由来異種移植)
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit for Illumina
- 断片化
- 熱処理
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp