データセット ID
JGAD000459
- データの種類
- 大腸がん12,503症例および対照者23,705名の遺伝性腫瘍関連27遺伝子翻訳領域のTarget Capture Sequencingデータ
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 2.0 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0014
- 公開日
- 2021-12-28
- 更新日
- 2021-12-28
- DDBJ Search
- JGAD000459 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000346 (新しいタブで開きます)
解析手法
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- 膵がん（ICD10：C25）：1,005症例
大腸がん（ICD10：C18、C19、C20）：12,503症例
腎がん（ICD10：C64）：740症例
リンパ腫（ICD10：C81、C82、C83、C84、C85、C86、C88、C91）：1,982症例
胃がん（ICD10：C16）：10,366症例
対照者：23,705名＋5,996名＋37,592名
23,705名の対照者 - 健康状態健常
- 対象者数23,705 (人数)
- 疾患
- 膵がん
- 大腸がん
- 腎がん
- リンパ腫
- 胃がん
- 試料説明
- 末梢血から抽出したgDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
- 測定対象
- 遺伝性腫瘍関連27遺伝子（APC, ATM, BARD1, BMPR1A, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDK4, CDKN2A, CDH1, CHEK2, EPCAM, HOXB13, NBN, NF1, MLH1, MSH2, MSH6, MUTYH, PALB2, PMS2, PTEN, RAD51C, RAD51D, SMAD4, STK11, TP53）の翻訳領域
- 試薬キット
- KAPA HiFi DNA Polymerase
2X Platinum Multiplex PCR Master Mix - 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp