データセット ID
JGAD000412
- データの種類
- NGS（Target Capture、RNA-seq、scRNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 586 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0252
- 公開日
- 2021-06-30
- 更新日
- 2021-06-30
- DDBJ Search
- JGAD000412 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000301 (新しいタブで開きます)
解析手法
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- ATL（ICD10：C915）：6症例
（感染細胞分画：19検体、非感染細胞分画：7検体）
HTLV-1感染者：10症例（2症例はATL発症後の検体を含む）
（感染細胞分画：20検体、非感染細胞分画：10検体） - 健康状態混在
- 対象者数26 (人数)
- 疾患
- ATL (C915)
- 試料説明
- ATL患者及びHTLV-1感染者末梢血の感染細胞分画及び非感染細胞分画ならびに正常細胞および腫瘍細胞から抽出したDNA（CD4+ T細胞、PBMC）
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
- 試薬キット
- SureSelect Target Enrichment System
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
Illumina HiSeq 3000
Illumina NovaSeq 6000 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- JGAD000412、JGAD000674: 200 bp
scRNA-seq
- 材料と対象者
- ATL（ICD10：C915）：1症例（2点）
（感染細胞分画：4検体、非感染細胞分画：2検体） - 健康状態罹患
- 対象者数7 (人数)
- 疾患
- ATL (C915)
- 試料説明
- ATL患者末梢血の感染細胞分画、非感染細胞分画のCD4+T細胞（シングルセル）および末梢血リンパ球から抽出したRNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scRNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Single Cell 3' v2
Chromium Single Cell 5' - 断片化
- 上記キットに準拠（酵素反応）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
Illumina HiSeq 3000
Illumina NovaSeq 6000 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- JGAD000412、JGAD000674: 124 bp
RNA-seq
- 材料と対象者
- ATL（ICD10：C915）：4症例
（感染細胞分画：6検体、非感染細胞分画：2検体）
健常者：3名（セルライン） - 健康状態混在
- 対象者数7 (人数)
- 疾患
- ATL (C915)
- 試料説明
- ATL患者末梢血の感染細胞分画、及び、非感染細胞分画、並びに健常者のCD4+T細胞から抽出したRNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- ヒト末梢血CD4+T細胞（Lonza Catalog #: 2W-200）
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Ultra RNA Library Prep Kit for Illumina
- 断片化
- 上記キットに準拠（化学反応[Mg2+、熱処理]）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 300 bp