データセット ID
JGAD000399
- データの種類
- 2003年から2007年度にバイオバンク・ジャパンに登録されたサンプル（約20万例）から抽出された11,234名の23遺伝子における全てのエクソン領域のTarget Capture Sequencingn解析より得られた体細胞変異データおよびSNPアレイにより得られた染色体変異データ
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 4.6 MB
- ファイル形式
- TXT
- 研究
- hum0014
- 公開日
- 2021-05-21
- 更新日
- 2022-12-20
- DDBJ Search
- JGAD000399 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000293 (新しいタブで開きます)
解析手法
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- 2003年から2007年度にバイオバンク・ジャパンに登録されたサンプル（約20万例）から抽出された11,234名
- 対象者数11,234 (人数)
- コホートBioBank Japan
- 対象集団日本人
- 試料説明
- 末梢血から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
- 測定対象
- 下記の23遺伝子における全てのエクソン領域
ASXL1, CBL, CEBPA, DDX41, DNMT3A, ETV6, EZH2, GATA2, GNAS, GNB1, IDH1, IDH2, JAK2, KRAS, MYD88, NRAS, PPM1D, RUNX1, SF3B1, SRSF2, TET2, TP53, U2AF1 - 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- bwa
- マッピング品質
- ≥40
- QC・フィルタリング
- Depth 20以上の領域が98%以上のサンプルを解析対象とした。
- 解析方法
- Genomon pipeline
- カバレッジ (深度)
- 800x
- 加工データの種類
- 体細胞変異コール