データセット ID
JGAD000375
- データの種類
- NGS（Exome、Target Capture、 RNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 545 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0195
- 公開日
- 2022-03-04
- 更新日
- 2025-12-08
- DDBJ Search
- JGAD000375 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000269 (新しいタブで開きます)
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| Probe-Sequences.xlsx | 98遺伝子 | 689 KB |
解析手法
WES
- 材料と対象者
- C型肝炎ウイルス排除後に肝がんを発症した慢性肝炎/肝硬変（ICD10：K746、C220）：12症例
腫瘍組織：12検体
末梢血より単離したリンパ球：12検体
胃がんを伴う慢性胃炎（ICD10：C169）：11症例
腫瘍組織：11検体、非腫瘍組織：38検体、末梢血：11検体
胃がん（ICD10：C169）：1 ＋ 1症例
腫瘍組織：2検体、非腫瘍組織：2＋3検体、末梢血：1＋1検体
胃粘膜下腫瘍（ICD10：D371）：3症例
非腫瘍組織：6検体、末梢血：3検体 - 健康状態罹患
- 対象者数28 (人数)
- 疾患
- C型肝炎ウイルス排除後に肝がんを発症した慢性肝炎/肝硬変 (K746, C220)
胃がんを伴う慢性胃炎 (C169)
胃がん (C169)
胃粘膜下腫瘍 (D371) - 試料説明
- 肝がん症例の腫瘍組織および末梢血より単離したリンパ球から抽出したDNA
胃がんおよび胃粘膜下腫瘍症例の腫瘍組織、非腫瘍組織、ならびに末梢血から抽出したDNA - 組織リンパ球、末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Ion AmpliSeq Exome RDY Kit
- 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Thermo Fisher Scientific Ion Proton
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 150 bp
RNA-seq
- 材料と対象者
- C型肝炎ウイルス排除後に肝がんを発症した慢性肝炎/肝硬変（ICD10：K746、C220）：20症例
非腫瘍組織：20検体
C型肝炎ウイルス陽性肝硬変かつ肝がん（ICD10：K746、C220）：3症例
腫瘍組織：8検体
非腫瘍組織：3検体
C型肝炎ウイルス陰性肝がん（ICD10：C220）：2症例
腫瘍組織：7検体
非腫瘍組織：2検体
胃がん（ICD10：C169）：6症例
非腫瘍組織 : （腸上皮化生 5検体、非化生 3検体） - 健康状態罹患
- 対象者数31 (人数)
- 疾患
- C型肝炎ウイルス排除後に肝がんを発症した慢性肝炎/肝硬変 (K746, C220)
C型肝炎ウイルス陽性肝硬変かつ肝がん (K746, C220)
C型肝炎ウイルス陰性肝がん (C220)
胃がん (C169) - 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA
非腫瘍組織（腺管のみ）から抽出したtotal RNA - 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq RNA Library Prep Kit
- 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 4000
Illumina NovaSeq 6000 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 101 bp
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- 胃がん（ICD10：C169）：26症例（2症例はExomeと重複）
非腫瘍組織：96検体 - 健康状態罹患
- 対象者数26 (人数)
- 疾患
- 胃がん (C169)
- 試料説明
- 胃がん症例の非腫瘍組織から抽出したDNA
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
- 測定対象
- 98遺伝子
- 試薬キット
- xGen Gene Capture Pools
- 断片化
- 酵素反応（enzymatic fragmentation kit Lotus（IDT））
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp