データセット ID
JGAD000332
- データの種類
- NGS（Exome、RNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 49.6 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0195
- 公開日
- 2021-04-02
- 更新日
- 2021-04-02
- DDBJ Search
- JGAD000332 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000234 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- C型肝炎ウイルス排除後に肝がんを発症した慢性肝炎/肝硬変（ICD10：K746、C220）：20症例
非腫瘍組織：20検体
C型肝炎ウイルス陽性肝硬変かつ肝がん（ICD10：K746、C220）：3症例
腫瘍組織：8検体
非腫瘍組織：3検体
C型肝炎ウイルス陰性肝がん（ICD10：C220）：2症例
腫瘍組織：7検体
非腫瘍組織：2検体
胃がん（ICD10：C169）：6症例
非腫瘍組織 : （腸上皮化生 5検体、非化生 3検体） - 健康状態罹患
- 対象者数31 (人数)
- 疾患
- C型肝炎ウイルス排除後に肝がんを発症した慢性肝炎/肝硬変 (K746, C220)
C型肝炎ウイルス陽性肝硬変かつ肝がん (K746, C220)
C型肝炎ウイルス陰性肝がん (C220)
胃がん (C169) - 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA
非腫瘍組織（腺管のみ）から抽出したtotal RNA - 組織肝臓、胃
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq RNA Library Prep Kit
- 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 4000
Illumina NovaSeq 6000 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 101 bp