データセット ID
JGAD000318
- データの種類
- NGS（Target Capture）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 256 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- BED
- 研究
- hum0225
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-09-28
- DDBJ Search
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- JGA Study
- JGAS000226 (新しいタブで開きます)
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0225_ | ATLリスク50遺伝子を含む280遺伝子 | 12.8 KB |
解析手法
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- HAM（ICD-10：A858/B973）：21症例（46検体）
感染細胞分画（腫瘍組織）：23検体（2症例は成人T細胞白血病[ATL]発症後の検体を含む）
非感染細胞分画（非腫瘍組織）：23検体（2症例はATL発症後の検体を含む） - 健康状態罹患
- 対象者数46 (検体数)
- 疾患
- HAM
- 試料説明
- 末梢血単核球（PBMC）の感染細胞分画（腫瘍組織）及び非感染細胞分画（非腫瘍組織）から抽出したDNA
- 組織末梢血単核球 (PBMC)、末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
- 測定対象
- ATLリスク50遺伝子を含む280遺伝子とHTLV-1 provirus全長領域
- 試薬キット
- SureSelect XT HS
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
Illumina HiSeq 3000 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp