2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
JGAD000318
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2025-09-24
- 研究
- hum0225
- データの種類
- NGS(Target Capture)
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000226
解析手法
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
HAM(ICD-10: A858/B973): 21症例(46検体) 感染細胞分画(腫瘍組織): 23検体(2症例は成人T細胞白血病[ATL]発症後の検体を含む) 非感染細胞分画(非腫瘍組織): 23検体(2症例はATL発症後の検体を含む)
- 実験方法
Target Capture
- ターゲット
ATLリスク50遺伝子を含む280遺伝子とHTLV-1 provirus全長領域
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 2500/3000]
- 試料説明
末梢血単核球(PBMC)の感染細胞分画(腫瘍組織)及び非感染細胞分画(非腫瘍組織)から抽出したDNA
- ライブラリ構築
SureSelect XT HS Target Enrichment System
- 断片化
超音波断片化(Covaris)
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
100 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
238 GB(fastq)
- 利用ポリシー