データセット ID
JGAD000314
- データの種類
- 質量分析
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 321 MB
- ファイル形式
- WIFF
- 研究
- hum0220
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-09-28
- DDBJ Search
- JGAD000314 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000223 (新しいタブで開きます)
解析手法
質量分析
- 材料と対象者
- 血漿：健常人3名×6条件（計18検体）
条件：0分室温、15分室温、30分室温、1時間氷上、4時間氷上、8時間氷上
血清：健常人3名（計3検体） - 健康状態健常
- 対象者数21 (検体数)
- 試料説明
- 静脈血採取から凍結までの放置条件を振った血漿、および血清
- 組織血漿、血清
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の処理
- 健常ボランティアから採血後に血液を氷上もしくは室温で指定時間放置し、血清もしくは血漿を調製。血清もしくは血漿検体をsodium deoxycholateおよびN-lauroylsarcosinate存在下でdithiothreitolにより還元し、iodoacetamideによってアルキル化を行った。その後lysyl endopeptideseおよびtyprinで消化した後に、液液抽出および脱塩を行うことによって質量分析試料を調製した。
- プラットフォーム
- Sciex TripleTOF 5600
- 測定条件
- 質量分析：Sciex TripleTOF 5600
LC: DIONEX Ultimate 3000 RSLC nano system
トラップカラム：100 μm ID, 2 cm length, packed with 5 μm Acclaim PepMap100 C18
分析カラム：75 μm ID, 25 cm length, packed with 2 μm Acclaim PepMap C18
Solvent A: 0.1% formic acid in water
Solvent B: 0.1% formic acid in acetonitrile
Gradient: 2% B at 0-3 min, to 25% B at 63 min, to 50% B at 78 min, 98% B at 80-85 min, then 100% A, with the flow rate of 300 nl/min
同定用データ取得：Information Dependent Acquisition
定量用データ取得：SWATH (Data Independent Acquisition) - 解析方法
- タンパク質の同定はInformation Dependent AcquisitionのデータをProteoinPilot 4.5で解析をする事で実施した。同定の信頼性は1% FDRを閾値とした。タンパク質の定量はSWATHのデータをSkylineを用いる事によって実施した。定量の際に用いるスペクトルライブラリは同一検体の同定情報から構築したライブラリや研究室内の蓄積したライブラリを用いた。定量の信頼性は1% FDRを閾値とし、特異的なペプチドのピーク面積の合計をタンパク質の量として計算した。
- 加工データの種類
- Identified protein list
Peak list - jPOST Accession
- JPST000553