データセット ID
JGAD000313
- データの種類
- NGS（Target Capture）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 208 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0145
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-09-28
- DDBJ Search
- JGAD000313 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000222 (新しいタブで開きます)
解析手法
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- 大腸がん（ICD10：C189）：10症例 36検体
・術前化学療法前に内視鏡を用いて採取した原発巣の腫瘍組織：10症例 10検体
・術前化学療法後切除切片の腫瘍組織：10症例 10検体
・術前化学療法後切除切片の非腫瘍組織：10症例 10検体
・末梢血の血漿：3症例 4検体
・転移巣切除切片の腫瘍組織：2症例 2検体 - 健康状態混在
- 対象者数36 (検体数)
- 疾患
- 大腸がん
- 試料説明
- 大腸がんの原発巣（FFPE）、手術切除切片の腫瘍組織と非腫瘍組織、血漿、転移巣切除切片の腫瘍組織から抽出したから抽出したDNA
- 組織血漿
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
- 測定対象
- ClearSeq Halo HS Cancer Research Panel
- 試薬キット
- HaloPlex Target Enrichment
SureSelect Target Enrichment System - 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp