2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
JGAD000313
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-09-28
- 研究
- hum0145
- データの種類
- NGS(Target Capture)
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000222
解析手法
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
大腸がん(ICD10: C189): 10症例 36検体 ・術前化学療法前に内視鏡を用いて採取した原発巣の腫瘍組織: 10症例 10検体 ・術前化学療法後切除切片の腫瘍組織: 10症例 10検体 ・術前化学療法後切除切片の非腫瘍組織: 10症例 10検体 ・末梢血の血漿: 3症例 4検体 ・転移巣切除切片の腫瘍組織: 2症例 2検体
- 実験方法
Target Capture
- ターゲット
ClearSeq Halo HS Cancer Research Panel
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 2500]
- 試料説明
大腸がんの原発巣(FFPE)、手術切除切片の腫瘍組織と非腫瘍組織、血漿、転移巣切除切片の腫瘍組織から抽出したから抽出したDNA
- ライブラリ構築
SureSelect/HaloPlex ターゲットエンリッチメントシステム
- 断片化
酵素反応
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
100 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
193 GB (fastq)
- 利用ポリシー