データセット ID
JGAD000303
- データの種類
- NGS（Target Capture）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 31.7 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0217
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2021-01-21
- DDBJ Search
- JGAD000303 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000217 (新しいタブで開きます)
解析手法
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- 大腸鋸歯状病変（鋸歯状ポリープ）（ICD10：C18）：50症例
- 健康状態罹患
- 対象者数50 (人数)
- 疾患
- 大腸鋸歯状病変（鋸歯状ポリープ） (C18)
- 試料説明
- 大腸鋸歯状病変（鋸歯状ポリープ）から抽出したDNA
- 組織大腸
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
- 測定対象
- ACVR2A, AMER1, APC, ARID1A, ATM, AXIN2,
BMP4, BRAF, CDKN2A, CHD7, CHD8, CTNNB1,
DKK1, DKK2, DKK3, DKK4, FBXW7, FZD3,
FZD10, GNAS, GSK3B, HRAS, KRAS, LRP5,
MLH1, MSH6, NRAS, PIF1, PIK3CA, PTEN,
RBL1, RNF43, SMAD4, SOX9, TCF7L2, TELO2,
TGFBR2, TP53, XAF1 - 試薬キット
- Ion AmpliSeq Library Kit Plus
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Thermo Fisher Scientific Ion Torrent
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 120 bp (約)