データセット ID
JGAD000259
- データの種類
- NGS（Exome）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 223 GB
- ファイル形式
- BAM
- TXT
- 研究
- hum0169
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-11-18
- DDBJ Search
- JGAD000259 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000178 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- 中枢神経原発悪性リンパ腫（ICD10：C859）：9症例
YML9：Patient Derived Xenograft（PDX）マウス（第1世代、第2世代）及び患者腫瘍組織ならびに末梢血
YML11：PDXマウス（第1世代）及び患者腫瘍組織ならびに末梢血
YML3：PDXマウス（第2世代）及び患者腫瘍組織ならびに末梢血
YML4：PDXマウス（第1世代、第4世代）及び患者腫瘍組織ならびに末梢血
YML8：PDXマウス（第1世代）及び患者腫瘍組織ならびに末梢血
YML12：PDXマウス（第1世代、第2世代）及び患者腫瘍組織ならびに末梢血
YML15：PDXマウス（第1世代）及び患者腫瘍組織ならびに末梢血
YML16：PDXマウス（第1世代、第2世代、第3世代）及び患者腫瘍組織ならびに末梢血
YML17：PDXマウス（第1世代）及び患者腫瘍組織ならびに末梢血 - 健康状態罹患
- 対象者数9 (人数)
- 疾患
- 中枢神経原発悪性リンパ腫 (C859)
- 試料説明
- 細胞株及び腫瘍組織ならびに末梢血から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit for Illumina
SureSelect Human All Exon V6 - 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 125 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- bwa-mem、bowtie2
- QC・フィルタリング
- Quality Value 20未満の塩基をマスク
- 解析方法
- Log-R ratio（calculated with in-house pipline）
- カバレッジ (割合)
- 20x以上: 84%