データセット ID
JGAD000238
- データの種類
- 住民コホートに参加した9,187名の日焼けに関するGWAS
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 486 MB
- ファイル形式
- TXT
- 研究
- hum0164
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-11-18
- DDBJ Search
- JGAD000238 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000160 (新しいタブで開きます)
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0164_ | Dictionary file（JGAD000238） | 11.0 KB |
解析手法
Genotyping by array
- 材料と対象者
- 住民コホートに参加した9,187名
- 対象者数9187 (人数)
- コホートTohoku Medical Megabank
- 対象集団日本人
- 試料説明
- 末梢血から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- HumanOmniExpressExome BeadChip Kit
- プラットフォーム
- Illumina HumanOmniExpressExome
- 参照ゲノム
- GRCh37
- QC・フィルタリング
- 検体：Call rate > 0.98
SNP：HWE P < 0.0001、MAF < 0.01、Missing rate > 0.05 - 解析方法
- GenCall software（GenomeStudio）
- バリアント数
- 6,193,994 SNPs
- 加工データの種類
- GWAS 要約統計量
- データ概要
- GWAS_summary_statistics_JST_Combined_set.txt.gz：宮城県または岩手県在住の日本人9,187人を対象とした日本人のスキンタイプにおけるGWAS統計情報
GWAS_summary_statistics_JST_Miyagi.txt.gz：宮城県在住の日本人4,475人を対象とした日本人のスキンタイプにおけるGWAS統計情報
GWAS_summary_statistics_JST_Iwate.txt.gz：岩手県在住の日本人4,712人を対象とした日本人のスキンタイプにおけるGWAS統計情報