2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所(NIG)バイオデータ研究拠点(BSI)ライフサイエンス統合データベース部門(DBCLS)」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
NBDC ヒトデータベース申請業務ならびにJGA関係の業務につきまして、以下の期間休業いたします:2026年8月12日(水) 〜 2026年8月17日(月) 休業期間中にいただいた申請やお問い合わせ等は、休業明けの 8月18日(火) より順次対応させていただきます。 上記休業期間の前後は通常より対応が遅れることがあります。予めご了承ください。 ご迷惑をおかけいたしますが、ご理解とご協力をお願いいたします。
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2023-04-20
- 研究
- hum0014
- データの種類
- 乳がん7,104症例と対照者23,731名の遺伝性乳がん原因11遺伝子翻訳領域のTarget Capture Sequencingデータ
- アクセス制限
- 制限公開(Type I)
- JGA Study
- JGAS000140
解析手法
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
乳がん(ICD10: C509): 7,104症例 対照者: 23,731名
- 実験方法
Target Capture
- ターゲット
遺伝性乳がんの原因11遺伝子(ATM, BRCA1, BRCA2, CDH1, CHEK2, NBN, NF1, PALB2, PTEN, STK11, TP53)の翻訳領域
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 2500]
- 試料説明
末梢血から抽出したgDNA
- ライブラリ構築
2X Platinum Multiplex PCR Master Mix(Thermo Fisher Scientific)を用いたmultiplex PCRで対象遺伝子領域を抽出し、2nd PCRにより、KAPA HiFi DNA Polymeraseを用いてHiSeqに必要なバーコード配列およびアダプター配列を付加 *1
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
150 bp x 2
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
1 TB(fastq)
- 利用ポリシー
