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NBDC ヒトデータベース
JGAD000209
公開日
2020-09-28

更新日
2023-04-20

研究
hum0014

データの種類
乳がん7,104症例と対照者23,731名の遺伝性乳がん原因11遺伝子翻訳領域のTarget Capture Sequencingデータ

アクセス制限
制限公開(Type I)

JGA Study
JGAS000140

解析手法

Targeted DNA sequencing

材料と対象者

乳がん(ICD10: C509): 7,104症例 対照者: 23,731名

実験方法

Target Capture

ターゲット

遺伝性乳がんの原因11遺伝子(ATM, BRCA1, BRCA2, CDH1, CHEK2, NBN, NF1, PALB2, PTEN, STK11, TP53)の翻訳領域

プラットフォーム

Illumina [HiSeq 2500]

試料説明

末梢血から抽出したgDNA

ライブラリ構築

2X Platinum Multiplex PCR Master Mix(Thermo Fisher Scientific)を用いたmultiplex PCRで対象遺伝子領域を抽出し、2nd PCRにより、KAPA HiFi DNA Polymeraseを用いてHiSeqに必要なバーコード配列およびアダプター配列を付加 *1

リードタイプ

Paired-end

リード長

150 bp x 2

JGAデータセットAccession
総データ量

1 TB(fastq)

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