データセット ID
JGAD000204
- データの種類
- NGS（RNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 76.0 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0141
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-11-18
- DDBJ Search
- JGAD000204 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000135 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- 頭頸部がん：4症例（15検体）
HNC1：声門上がん（ICD10：C32.1）
HNC10：舌根部がん（ICD10：C01）
HNC14：梨状陥凹がん（ICD10：C12）
HNC18：下咽頭後部がん（ICD10：C13.2） - 健康状態罹患
- 対象者数15 (検体数)
- 疾患
- 声門上がん (C321)
舌根部がん (C01)
梨状陥凹がん (C12)
下咽頭後部がん (C132) - 試料説明
- 頭頚部がん（腫瘍組織）に浸潤したCD4+ T細胞の以下の分画から抽出したRNA
・Double Positive（DP）：CD25+ CTLA4+ Treg細胞
・CD25：CD25+ T細胞
・CTLA4：CTLA4+ T細胞
・Double Negative（DN）：CD25- CTLA4- T細胞 - 組織CD4 陽性 T 細胞
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- KAPA Library Preparation Kit
- 断片化
- KAPA Frag
- プラットフォーム
- Thermo Fisher Scientific Ion S5
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 150 bp (平均)