2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
NBDC ヒトデータベース申請業務ならびにJGA関係の業務につきまして、以下の期間休業いたします：2026年8月12日(水) 〜 2026年8月17日(月) 休業期間中にいただいた申請やお問い合わせ等は、休業明けの 8月18日(火) より順次対応させていただきます。 上記休業期間の前後は通常より対応が遅れることがあります。予めご了承ください。 ご迷惑をおかけいたしますが、ご理解とご協力をお願いいたします。
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2025-05-09
- 研究
- hum0014
- データの種類
- 158,284名のBMIデータ 182,505名のGenotypeデータ
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000114
解析手法
Genotyping by array
- 材料と対象者
162,255名の58臨床検査値
- 実験方法
genome wide SNVs
- プラットフォーム
Illumina [HumanOmniExpress、HumanExome、OmniExpressExome BeadChip]
- 試料説明
末梢血から抽出したgDNA
- 試薬
HumanOmniExpress、HumanExome、OmniExpressExome BeadChip kit
- 解析方法
minimac [imputation(1000 genomes Phase I v3 )] GenCall software(GenomeStudio)
- フィルタリング
GenotypingのQC: sample call rate < 0.98, SNV call rate < 0.99, HWE P < 1 x 10^-6 Imputation referenceのQC: 以下の条件に該当するSNVはreferenceから除外: 1) HWE P < 1 x 10^-6、2) MAF < 0.01 Imputation後のQC: Imputation quality (Rsq) < 0.7 を除外。
- バリアント数
常染色体: 5,961,600 SNVs(hg19) X染色体: 147,353 SNVs(hg19)
- NBDCデータセットAccession
血糖・脂質関連 総コレステロール JGAD000144 血糖・脂質関連 HDLコレステロール JGAD000145 血糖・脂質関連 LDLコレステロール JGAD000146 血糖・脂質関連 中性脂肪 JGAD000147 血糖・脂質関連 血糖 JGAD000148 血糖・脂質関連 ヘモグロビンA1c JGAD000149 血清蛋白質 総蛋白 JGAD000150 血清蛋白質 アルブミン JGAD000151 血清蛋白質 非アルブミン蛋白 JGAD000152 血清蛋白質 アルブミン/グロブリン比 JGAD000153 腎機能 尿素窒素 JGAD000154 腎機能 血清クレアチニン JGAD000155 腎機能 推算糸球体濾過量 JGAD000156 腎機能 尿酸 JGAD000157 電解質 ナトリウム JGAD000158 電解質 カリウム JGAD000159 電解質 クロール JGAD000160 電解質 カルシウム JGAD000161 電解質 無機リン JGAD000162 肝機能 総ビリルビン JGAD000163 肝機能 硫酸亜鉛混濁試験 JGAD000164 肝機能 アスパラギン酸アミノ基転移酵素 JGAD000165 肝機能 アラニンアミノ基転移酵素 JGAD000166 肝機能 アルカリフォスファターゼ JGAD000167 肝機能 ガンマグルタミルトランスフェラーゼ JGAD000168 その他の検査値 活性化部分トロンボプラスチン時間 JGAD000169 その他の検査値 プロトロンビン時間 JGAD000170 その他の検査値 フィブリノーゲン JGAD000171 その他の検査値 クレアチンキナーゼ JGAD000172 その他の検査値 乳酸脱水素酵素 JGAD000173 その他の検査値 C反応性蛋白 JGAD000174 血球数 白血球数 JGAD000175 血球数 好中球数 JGAD000176 血球数 好酸球数 JGAD000177 血球数 好塩基球数 JGAD000178 血球数 単球数 JGAD000179 血球数 リンパ球数 JGAD000180 血球数 赤血球数 JGAD000181 血球数 ヘモグロビン濃度 JGAD000182 血球数 ヘマトクリット値 JGAD000183 血球数 平均赤血球容積 JGAD000184 血球数 平均赤血球ヘモグロビン量 JGAD000185 血球数 平均赤血球ヘモグロビン濃度 JGAD000186 血球数 血小板数 JGAD000187 血圧 収縮期血圧 JGAD000188 血圧 拡張期血圧 JGAD000189 血圧 平均血圧 JGAD000190 血圧 脈圧 JGAD000191 心エコー 心室中隔壁厚 JGAD000192 心エコー 後壁厚 JGAD000193 心エコー 左室拡張末期径 JGAD000194 心エコー 左室収縮末期径 JGAD000195 心エコー 左室心筋重量 JGAD000196 心エコー 左室心筋重量係数 JGAD000197 心エコー 相対的壁厚 JGAD000198 心エコー 左室内径短縮率 JGAD000199 心エコー 左室駆出率 JGAD000200 心エコー E/A比 JGAD000201 (GWAS統計情報のダウンロードは上記形質名をクリックしてください) Dictionary file
- JGAデータセットAccession
心エコー 心室中隔壁厚 JGAD000192
- 総データ量
GWAS: 平均 123 MB(zip) Phenotypeデータ(58形質): 平均 2.4 MB(txt.gz)
- 利用ポリシー