データセット ID
JGAD000189
- データの種類
- 162,255名の58臨床検査値のPhenotypeデータ
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 2.6 MB
- ファイル形式
- PHENO
- 研究
- hum0014
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-09-28
- DDBJ Search
- JGAD000189 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000114 (新しいタブで開きます)
解析手法
Genotyping by array
- 材料と対象者
- 162,255名の58臨床検査値
- 対象者数162,255 (人数)
- 試料説明
- 末梢血から抽出したgDNA
- 組織末梢血
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- HumanExome BeadChip Kit
HumanOmniExpress BeadChip Kit
HumanOmniExpressExome BeadChip Kit - プラットフォーム
- Illumina HumanExome
Illumina HumanOmniExpress
Illumina HumanOmniExpressExome - 参照ゲノム
- GRCh37
- QC・フィルタリング
- GenotypingのQC：sample call rate < 0.98, SNV call rate < 0.99, HWE P < 1 x 10^-6
Imputation referenceのQC:
以下の条件に該当するSNVはreferenceから除外:
1) HWE P < 1 x 10^-6、2) MAF < 0.01
Imputation後のQC:
Imputation quality (Rsq) < 0.7 を除外。 - インピュテーション
- minimac [imputation（1000 genomes Phase I v3 ）]
- 解析方法
- GenCall software（GenomeStudio）
- バリアント数
- 常染色体: 5,961,600 SNVs
X染色体: 147,353 SNVs - 加工データの種類
- GWAS 要約統計量
- 表現型データの有無
- あり
- データ概要
- 血圧: 拡張期血圧