データセット ID
JGAD000135
- データの種類
- NGS(CAGE-seq)
サンガー法 - アクセス制限
- 制限公開(Type I)
- 総データ量
- 5.8 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- FASTA
- 研究
- hum0118
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-11-18
- DDBJ Search
- JGAD000135 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000124 (新しいタブで開きます)
解析手法
CAGE-seq
- 材料と対象者
- 子宮体がん(ICD10:C54.1)の摘出組織(腫瘍組織):15検体
- 健康状態罹患
- 対象者数15 (検体数)
- 疾患
- 子宮体がん (C541)
- 試料説明
- 子宮体がん摘出組織の腫瘍組織から抽出したRNA
- 組織子宮内膜
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- CAGE-seq
- 測定対象
- N/A
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 47 bp
Sanger sequencing
- 材料と対象者
- 子宮体がん(ICD10:C54.1)の摘出組織(腫瘍組織):3検体(1検体はCAGE-seqと重複)
- 健康状態罹患
- 対象者数3 (検体数)
- 疾患
- 子宮体がん (C541)
- 試料説明
- 子宮体がん摘出組織の腫瘍組織から抽出したRNAを逆転写したcDNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Sanger sequencing
- 測定対象
- TACC2(chr10:123,748,689-124,014,057 [ref: hg19])
- 試薬キット
- BigDye Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit
- プラットフォーム
- Thermo Fisher Scientific 3500 Genetic Analyzer
- 参照ゲノム
- GRCh37