データセット ID
JGAD000012
- データの種類
- ながはま0次コホートスタディにおける
3712名分の遺伝子型情報 - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 126 GB
- ファイル形式
- TAR
- GZIP
- 研究
- hum0012
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-09-28
- DDBJ Search
- JGAD000012 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000012 (新しいタブで開きます)
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| samples-platform_ | 対象毎に実施プラットフォームが異なります | 135 KB |
解析手法
Genotyping by array
- 試料説明
- 末梢血から抽出したgDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Human610-Quad BeadChip Kit
HumanCoreExome BeadChip Kit
HumanExome BeadChip Kit
HumanOmni2.5 BeadChip Kit - プラットフォーム
- Illumina Human610-Quad
Illumina HumanCoreExome
Illumina HumanExome
Illumina HumanOmni2.5
Illumina HumanOmni2.5S - QC・フィルタリング
- BLASTを用いた周辺配列アライメントによる位置の一意化。
CNV用プローブ、複数個所にマップされたプローブ、および、
マップされなかったプローブ情報を除去。 - 解析方法
- GenCall software (GenomeStudio)
- バリアント数
- Human610-Quad: 620,901 SNPs
HumanOmni2.5-4v1: 2,443,177 SNPs
HumanOmni2.5-8v1: 2,379,855 SNPs
HumanOmni2.5S-8v1: 2,015,318 SNPs
HumanExome-12v1: 247,870 SNPs
HumanCoreExome-12v1: 538,448 SNPs
Human610-Quad: 597,140 SNPs
HumanOmni2.5-4v1: 2,431,379 SNPs
HumanOmni2.5-8v1: 2,372,060 SNPs
HumanOmni2.5S-8v1: 2,008,033 SNPs
HumanExome-12v1: 246,805 SNPs
HumanCoreExome-12v1: 518,247 SNPs - 表現型データの有無
- あり