データセット ID
E-GEAD-622
- データの種類
- NGS（Visium Spatial Gene Expression）、病理画像
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 73.4 MB
- ファイル形式
- TAR
- 研究
- hum0402
- 公開日
- 2024-04-18
- 更新日
- 2024-04-18
- DDBJ Search
- E-GEAD-622 (新しいタブで開きます)
解析手法
Visium 空間トランスクリプトーム + 病理画像
- 材料と対象者
- ACSを背景とした大腸がん（ICD10：D01.0）：4症例
FFPE腫瘍組織切片：4検体 - 健康状態罹患
- 対象者数4 (人数)
- 疾患
- ACSを背景とした大腸がん
- 試料説明
- FFPE腫瘍組織から切り出した厚さ5μmの切片より抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Histological image
Spatial transcriptomics - 測定対象
- N/A
- 試料の処理
- 組織染色: HE染色
- 試薬キット
- Visium Spatial Gene Expression for FFPE
- 断片化
- Hybrid Selection
- プラットフォーム
- MGI DNBSEQ-G400
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp (平均)
- 参照ゲノム
- GRCh38
- 解析方法
- Space Ranger software v.1.3.1