データセット ID
E-GEAD-1308
- データの種類
- NGS（scRNA-seq）
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 234 MB
- ファイル形式
- TXT
- HDF5
- 研究
- hum0600
- 公開日
- 2026-09-07
- 更新日
- 2026-09-07
- DDBJ Search
- E-GEAD-1308 (新しいタブで開きます)
解析手法
scRNA-seq
- 材料と対象者
- 甲状腺未分化がん（ICD10：C73）：3症例
腫瘍組織：3検体
甲状腺乳頭がん（ICD10：C73）：3症例
腫瘍組織：3検体 - 健康状態罹患
- 対象者数6 (人数)
- 対象集団日本人
- 疾患
- 甲状腺未分化がん (C73)
甲状腺乳頭がん (C73) - 試料説明
- 腫瘍組織より単離した細胞から抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scRNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Next GEM Single Cell 3' v3.1
- 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq X
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 90 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- STAR
- QC・フィルタリング
- RのSeuratパッケージを用い、各サンプルに対して以下の基準で低クオリティ細胞およびダブレットを除外した
- 検出遺伝子数（nFeature_RNA）：各サンプルの検出遺伝子数分布において、上下各0.5% tailの細胞を除外
- ミトコンドリア遺伝子比率（percent.mt）：ミトコンドリア由来の転写産物割合が 80%以上（percent.mt ≥ 80%）の死細胞を除外
- ダブレット除去：ソフトウェア DoubletFinder (version 2.0.6) を使用し、2個以上の細胞が1つの液滴に入ってしまった擬陽性データを除外 - 解析方法
- Cell Ranger (v7.1.0)
- 遺伝子数
- 30,000–40,000 genes (約)
- 加工データの種類
- 遺伝子発現行列