データセット ID
E-GEAD-1251
- データの種類
- 多発性硬化症のscRNA-seqの統合データ
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 722 MB
- ファイル形式
- TXT
- H5AD
- 研究
- hum0197
- 公開日
- 2026-08-03
- 更新日
- 2026-08-03
- DDBJ Search
- E-GEAD-1251 (新しいタブで開きます)
解析手法
scRNA-seq
- 材料と対象者
- 多発性硬化症（MS）（ICD10：G35）：20症例
- 健康状態罹患
- 対象者数20 (人数)
- 疾患
- 多発性硬化症（MS）
- 試料説明
- PBMCから抽出したRNA
- 組織末梢血単核球 (PBMC)、末梢血
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scRNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Next GEM Chip G Single Cell Kit
Chromium Next GEM Single Cell 5' v1.1
Single Index Kit T Set A - 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 90 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- STAR
- QC・フィルタリング
- We processed them with the remove-background function of CellBender (v0.1.0) to remove cell-free ambient RNAs in the droplets and call cells. We removed cells that had fewer than 500 UMIs, fewer than 200 feature counts in each sample, greater than 10% of reads from mitochondrial genes, or greater than 10% of reads from hemoglobin genes. Additionally, putative doublets were removed using Scrublet (v0.2.3) and scds (v1.18.0) for each sample.
- 解析方法
- Cell Ranger v7
- 遺伝子数
- 36,601 genes